R语言 lumi包 adjColorBias.ssn()函数中文帮助文档(中英文对照)

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adjColorBias.ssn(lumi)
adjColorBias.ssn()所属R语言包：lumi

                                         Color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays using simple shift and scaling normalization
                                         Illumina的Infinium methylaton芯片使用简单的移位和缩放标准化的颜色偏差调整

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays using simple shift and scaling normalization
Illumina的Infinium methylaton芯片使用简单的移位和缩放标准化的颜色偏差调整


用法----------Usage----------


adjColorBias.ssn(methyLumiM, refChannel = c("green", "red", "mean"))



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
a MethyLumiM object or any eSet object with "methylated" and "unmethylated" data matrix element in the assayData slot  
1 MethyLumiM对象或任何与“甲基化”和“甲基化”矩阵元素数据在assayData插槽ESET对象


参数：refChannel
the reference color channel for color bias adjustment  
色彩偏差的调整参考颜色通道


Details

详情----------Details----------

Perform color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays. It requires the input methyLumiM object includes the color channel information in the featureData. Basically, there should be a "COLOR_CHANNEL" column in the data.frame returned by pData(featureData(methyLumiM)).
执行Illumina的的Infinium methylaton芯片的颜色偏差的调整。它需要输入methyLumiM对象包括在featureData的的颜色通道信息。基本上，应该是一个“COLOR_CHANNEL”列由，PDATA（featureData（methyLumiM））返回的数据框。

The basic idea of color bias adjustment is to treat it as the normalization between two color channels. It uses simple scaling normalization to normalize two color channels. The background levels are estimated using function estimateMethylationBG.
的色彩偏差调整的基本思路是把它作为两色通道标准化。它采用简单的比例标准化标准化的两个颜色通道。背景水平估计使用函数estimateMethylationBG。


值----------Value----------

Return an object (same class as input methyLumiM) with updated "methylated" and "unmethylated" data matrix after color bias adjustment.
返回一个对象与更新“甲基化”和“甲基化”的色彩偏差的调整后的数据矩阵（输入methyLumiM同一类）。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also  lumiMethyC, estimateMethylationBG and adjColorBias.quantile
另见lumiMethyC，estimateMethylationBG和adjColorBias.quantile


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
# before adjustment[调整前]
plotColorBias1D(example.lumiMethy)
lumiMethy.adj = adjColorBias.ssn(example.lumiMethy)
# after adjustment[调整后]
plotColorBias1D(lumiMethy.adj)

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