R语言 lumi包 addNuID2lumi()函数中文帮助文档(中英文对照)

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addNuID2lumi(lumi)
addNuID2lumi()所属R语言包：lumi

                                         Add the nuID information to the LumiBatch object
                                         添加nuID信息的LumiBatch对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Replace the Illumina Id (Target ID or Probe Id) as nuID (nucleotide universal identifier) for indexing genes in the LumiBatch object
取代的Illumina的ID（目标ID或探针ID作为索引基因nuID（核苷酸通用标识符）在LumiBatch对象）


用法----------Usage----------


addNuID2lumi(x.lumi, annotationFile=NULL, sep = NULL, lib.mapping = NULL,  annotationColName = c(sequence = "Probe_Sequence", target = "ILMN_Gene", probe='Probe_Id'), verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x.lumi
a LumiBatch object  
1 LumiBatch对象


参数：annotationFile
a annotation file, which includes the Illumina ID (target or probe ids) and probe sequence information
注释文件，其中包括Illumina的ID（目标或探针IDS）和探针序列信息


参数：sep
the separation used in the annotation file. Automatically detect the separator if it is "," or "\t".  
在注释文件分离。分隔，如果是“自动检测”或“\”。


参数：lib.mapping
a Illumina ID mapping package, e.g, lumiHumanIDMapping  
1 Illumina的ID映射包，例如，lumiHumanIDMapping


参数：annotationColName
the annotation column name in the annotation file used for the probe sequence and TargetID and ProbeID  
在注释文件注释列名用于探针序列和目标ID和ProbeID


参数：verbose
a boolean to decide whether to print out some messages  
一个布尔值，决定是否打印出一些消息


Details

详情----------Details----------

Since the default Illumina IDs (TargetID (ILMN\_Gene ID) and ProbeId (Probe\_Id)) are not consistent between different arrays and batches, we invented a nuID, which is one-to-one matching with the probe sequence. This function is to replace the Illumina ID with the nuID. If the annotation library (the unzipped manifest file (.bgx)) is provided, the function will automatically check whether the Illumina ID is provided for the microarray data. We recommend output the data using ProbeID when using Illumina BeadStudio software, because the TargetID (ILMN\_Gene ID) are not unique.
由于默认Illumina公司的ID（目标ID（ILMN \ _Gene编号）和ProbeId（探针\ _id））是不同的阵列和批次之间并不一致，我们发明了一种nuID，这是一到匹配的探针序列。此功能是Illumina公司的ID取代与nuID的。如果提供的注释库（解压缩后的manifest文件（。BGX）的），功能会自动检查是否Illumina的ID芯片数据提供。我们建议使用ProbeID利用Illumina BeadStudio软件时的数据，因为输出的目标ID（ILMN \ _Gene ID）不是唯一的。


值----------Value----------

a LumiBatch object with Illumina ID replaced by nuID.
与Illumina的编号LumiBatch对象由nuID换下。


作者（S）----------Author(s)----------


Pan Du



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


## load example data[＃加载数据为例]
# data(example.lumi)[数据（example.lumi）]

## specify the annotation file for the Illumina chip[＃指定为Illumina的芯片的注释文件]
# annotationFile &lt;- 'Human_RefSeq-8.csv'[annotationFile < - 的“Human_RefSeq-8.csv”]
## Replace the Target ID with nuID[＃更换与nuID的目标ID]
# lumi.nuID &lt;- addNuID2lumi(example.lumi, annotationFile)[< -  addNuID2lumi lumi.nuID（example.lumi，annotationFile）]

## An alternative way is to load the Annotation library and match the targetID (or Probe Id) with nuID[＃另一种方法是加载注释库和匹配与nuID的目标ID（或探针ID）]
# lumi.nuId &lt;- addNuID2lumi(example.lumi, lib.mapping='lumiHumanIDMapping')[lumi.nuId < -  addNuID2lumi（example.lumi，lib.mapping =lumiHumanIDMapping）]


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