R语言 LMGene包 transeS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

transeS(LMGene)
transeS()所属R语言包：LMGene

                                         Function to apply the glog transform to an expression set.
                                         申请glog转变为一个表达式集功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For each element in the array of expression data, this function applies the glog transform y -> glog (y-alpha, lambda). If alpha is a vector, it must have one element for each column in exprs(eS).
阵列表达数据中的每个元素，此功能适用于glog变换Y  - > glog（Y-α，λ）。如果α是一个向量，它必须有一个元素每个exprs(eS)列。


用法----------Usage----------


transeS(eS, lambda, alpha)



参数----------Arguments----------

参数：eS
An ExpressionSet or AffyBatch object
ExpressionSet或AffyBatch对象


参数：lambda
The parameter lambda to be used in the glog transform.
要使用参数的lambda在glog变换。


参数：alpha
The alpha parameter(s) for the glog transform. May be a single number used for all samples, or a vector with one entry per sample.
为glog变换的α参数（S）。可能是一个单一的数字，用于所有的样品，或每一个条目示例向量。


Details

详情----------Details----------

The glog transformation of a variable y is defined as log(y + sqrt(y^2 + lambda)).  Using lambda = 0 corresponds to the log  transformation, up to a scale factor of 2.  (Other, equivalent expressions exist for the glog transformation.  See Durbin et al. (2002) and  Huber et al. (2002) for futher details.)
定义一个变量y glog转型为log(y + sqrt(y^2 + lambda))。使用lambda = 0对应数转换，比例因子为2。 （相当于表达式存在为glog转型。德宾等人（2002）和Huber等人（2002年），为进一步的细节。）

transeS subtracts a (scalar or vector) parameter alpha prior to application of the glog transformation, resulting in the expression log(y - alpha + sqrt((y - alpha)^2 + lambda)).
transeS减去（标量或矢量）参数alpha之前申请的glog改造，表达log(y - alpha + sqrt((y - alpha)^2 + lambda))。

The parameters lambda and alpha may be estimated using tranest.
参数lambda和alpha可使用tranest估计。


值----------Value----------

Returns an ExpressionSet or AffyBatch object with the expression matrix glog-transformed.
返回ExpressionSet或AffyBatch表达矩阵glog转化的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


John Tillinghast



参考文献----------References----------

data, Bioinformatics, 18, S105–S110.
stabilization applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression, Bioinformatics, 18, S96–S104.
<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


library(LMGene)
library(Biobase)

data(sample.eS)
trsample.eS <- transeS (sample.eS, 667, 65)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。