R语言 LMGene包 rowaov()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rowaov(LMGene)
rowaov()所属R语言包：LMGene

                                        Gene by gene ANOVA function
                                         基因通过基因方差函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the mean squares and degrees of freedom for gene-by-gene ANOVAs.
基因通过基因方差分析计算平均平方和自由度。


用法----------Usage----------


rowaov(eS, model=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：eS
An ExpressionSet object.  Any transformation and normalization of eS should be done prior to use in rowaov.
ExpressionSet对象。任何改造和标准化eS使用前应做在rowaov。


参数：model
Model used for comparison. See details and LMGene.
使用模型进行比较。细节和LMGene。


Details

详情----------Details----------

If you have data in a matrix and information about experimental design factors, then you can use neweS to convert the data into an ExpressionSet object. Please see neweS for more detail.
如果您拥有数据matrix和有关实验设计因素的信息，那么你可以使用neweSExpressionSet对象转换成的数据。请参阅neweS更多细节。

The model argument is an optional character string, constructed like the right-hand side of a formula for lm. It specifies which of the variables in the ExpressionSet will be used in the model and whether interaction terms will be included. If model=NULL, it uses all variables from the ExpressionSet without interactions. Be careful of using interaction terms with factors; this often leads to overfitting, which will yield an error.
model参数是一个可选的字符串，像一个lm公式右边的构建。它指定了ExpressionSet变量将用于在模型是否将包括互动方面。如果model=NULL，它使用ExpressionSet无互动的所有变量。小心使用与因素之间的相互作用方面，这往往导致过度拟合，这将产生一个错误。


值----------Value----------


参数：resmat
A matrix of MSEs and degrees of freedom for all model factors and all genes.  The first rows of resmat contain MSE's for each effect in model, ending with the residual MSE.  The remaining rows contain degrees of freedom for each effect in the model, ending with the residual d.f.  Each column corresponds to a gene.
微型和小型企业和所有模型的因素，所有基因的自由度矩阵。 resmat第一行包含每个效果MSE的model，用剩余的MSE结束。其余行包含效应模型中的每个自由度，残余DF结束每一列对应的基因。


作者（S）----------Author(s)----------


David Rocke and Geun-Cheol Lee



参考文献----------References----------

Seminars in Cell & Developmental Biology, 15, 703–713.


参见----------See Also----------

genediff, LMGene
genediff，LMGene


举例----------Examples----------


library(Biobase)
library(LMGene)

#data[数据]
data(sample.mat)
data(vlist)

raw.eS <- neweS(sample.mat, vlist)

# glog transform data[glog变换数据]
trans.eS <- transeS(raw.eS, lambda = 727, alpha = 56)

# Perform gene-by-gene anova[进行基因基因ANOVA]
resmat <- rowaov(trans.eS)
resmat[,1:3]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。