R语言 limma包 readGAL()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readGAL(limma)
readGAL()所属R语言包：limma

                                        Read a GAL file
                                         阅读GAL文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read a GenePix Array List (GAL) file into a dataframe.
成dataframe读取1 GenePix数组列表（GAL）中的文件。


用法----------Usage----------


readGAL(galfile=NULL,path=NULL,header=TRUE,sep="\t",quote="\"",skip=NULL,as.is=TRUE,...)



参数----------Arguments----------

参数：galfile
character string giving the name of the GAL file.  If NULL then a file with extension .gal is found in the directory specified by path.
GAL的文件名称的字符串。如果NULL然后扩展.gal发现在path指定的目录中的文件。


参数：path
character string giving the directory containing the files.  If NULL then assumed to be the current working directory.
字符串，包含文件的目录。如果NULL然后假定为当前工作目录。


参数：header
logical variable, if TRUE then the first line after skip is assumed to contain column headings.  If FALSE then a value should specified for skip.
逻辑变量，如果TRUE然后后skip第一行被认为包含列标题。如果FALSE值skip指定。


参数：sep
the field separator character
字段分隔符


参数：quote
the set of quoting characters
引用字符集


参数：skip
number of lines of the GAL file to skip before reading data.  If NULL then this number is determined by searching the file for column headings.
GAL的文件的行数读取数据前跳过。如果NULL那么这个数字是通过搜索列标题的文件确定。


参数：as.is
logical variable, if TRUE then read in character columns as vectors rather than factors.
逻辑变量，如果TRUE然后读取字符列作为向量，而不是因素。


参数：...
any other arguments are passed to read.table
任何其他参数传递read.table的


Details

详情----------Details----------

A GAL file is a list of genes IDs and associated information produced by an Axon microarray scanner. Apart from header information, the file must contain data columns labeled Block, Column, Row and ID. A Name column is usually included as well. Other columns are optional. See the Axon URL below for a detaile description of the GAL file format.
一个GAL文件是一种基因标识和生产由轴突芯片扫描仪的相关信息的列表。除了头信息，该文件必须包含标记Block，Column，Row和ID的数据列。以及通常包含一个Name列。其他列是可选的。见轴突以下网址detaile描述为GAL文件格式。

This function reads in the data columns with a minimum of user information. In most cases the function can be used without specifying any of the arguments.
此功能与用户信息的最低读取数据列。在大多数情况下，该功能可以使用，不指定任何参数。


值----------Value----------

A data frame with columns
与列的数据框


参数：Block
numeric vector containing the print tip indices
数字向量打印头指数


参数：Column
numeric vector containing the spot columns
数字向量现货列


参数：Row
numeric vector containing the spot rows
数字向量现货行


参数：ID
character vector, for factor if as.is=FALSE, containing gene library identifiers
因素，如果特征向量，as.is=FALSE，含有基因库标识符


参数：Name
character vector, for factor if as.is=FALSE, containing gene names
因素，如果特征向量，as.is=FALSE，含有基因名称

The data frame will be sorted so that Column is the fastest moving index, then Row, then Block.
将数据框排序使Column是最快的移动指数，然后Row，则Block。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

read.Galfile in the marray package.
在marray包read.Galfile。

An overview of LIMMA functions for reading data is given in 03.ReadingData.
在03.ReadingData一个读取数据LIMMA功能的概述。


举例----------Examples----------


# readGAL()[readGAL（）]
# will read in the first GAL file (with suffix ".gal")[将读取第一GAL文件（后缀“。加仑”）]
# found in the current working directory[发现在当前工作目录]

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