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R语言 limma包 merge()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 23:18:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
merge(limma)
merge()所属R语言包:limma

                                        Merge RGList or MAList Data Objects
                                         合并RGList或MAList数据对象

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Merge two microarray data sets represented by RGLists in possibly irregular order.
合并两个微阵列数据集可能不规则秩序RGLists表示。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'RGList'
merge(x,y,...)



参数----------Arguments----------

参数:x
RGList-class or MAList-class object
RGList-class或MAList-class对象


参数:y
RGList object, corresponding to the same genes as for x, possibly in a different order, but with different arrays.
RGList对象,相应的x,可能在不同的顺序,但不同的阵列相同的基因。


参数:...
other arguments are accepted but not used at present
其他参数都接受,但目前未使用


Details

详情----------Details----------

RGList and MAList objects are list objects containing numeric matrices all of the same dimensions. The RGLists are merged by merging each of the components by row names or, if there are no row names, by IDs in the genes component. Unlike when using cbind, row names are not required to be in the same order or to be unique. In the case of repeated row names, the order of the rows with repeated names in preserved. This means that the first occurrence of each name in x$R is matched with the first occurrence of the same name in y$R, the second with the second, and so on. The final vector of row names is the same as in x.
RGList和MAList对象列表对象包含所有相同的尺寸数字矩阵。被合并的RGLists合并行名称中的每个组件,如果没有行名,由genes组件的ID。时使用cbind,行名,不要求是相同的顺序,或者是唯一的不同。在重复的行名的情况下,为了在保留重复的名字行。这意味着同名的第一次出现在匹配的每个x$R名称首次出现与y$R第二,第二,依此类推。行名称的最终向量是作为x相同。

Note: if the RGList objects contain the same number of genes in the same order then the appropriate function to combine them is cbind rather than merge.
注:如果RGList对象包含在同一顺序相同数量的基因,那么相应的功能结合起来,他们是cbind而不是merge。


值----------Value----------

An merged object of the same class as x and y with the same components as x. Component matrices have the same rows names as in x but columns from y as well as x.
同一类的合并对象x和yx相同的组件。组件矩阵有相同的行x但是y以及x列名。


作者(S)----------Author(s)----------


Gordon Smyth



参见----------See Also----------

R base provides a merge method for merging data.frames.
ŕ碱基提供一个合并data.frames merge的方法。

An overview of limma commands for reading, subsetting and merging data is given in 03.ReadingData.
阅读,子集和合并数据的limma命令概述在03.ReadingData。


举例----------Examples----------


M <- A <- matrix(11:14,4,2)
rownames(M) <- rownames(A) <- c("a","a","b","c")
MA1 <- new("MAList",list(M=M,A=A))

M <- A <- matrix(21:24,4,2)
rownames(M) <- rownames(A) <- c("b","a","a","c")
MA2 <- new("MAList",list(M=M,A=A))

merge(MA1,MA2)
merge(MA2,MA1)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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