R语言 limma包 getEAWP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getEAWP(limma)
getEAWP()所属R语言包：limma

                                        Extract Basic Data from Microarray Data Objects
                                         提取从芯片数据对象的基本数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a microarray data object of any known class, get the expression values, weights, probe annotation and A-values, which are needed for linear modelling. This function is called by the linear modelling functions in LIMMA.
由于微阵列数据的任何已知的类的对象，得到表达式的值，重量，探针注释和A值，这是需要线性模型。这个函数被调用的在LIMMA线性建模功能。


用法----------Usage----------


getEAWP(object)



参数----------Arguments----------

参数：object
a microarray data object. An object of class list, MAList, EList, marrayNorm, PLMset, vsn, or any class inheriting from ExpressionSet, or any object that can be coerced to a numeric matrix.
微阵列数据的对象。类对象list，MAList，EList，marrayNorm，PLMset，vsn，或任何类继承ExpressionSet ，或任何可以强迫一个数字矩阵的对象。


Details

详情----------Details----------

In the case of two-color objects, the Amean is computed from the matrix of A-values. For single-channel objects, Amean is computed from the matrix of expression vales. PLMset, vsn and ExpressionSet are assumed to be single-channel for this purpose.
在双色对象的情况下，Amean从矩阵A值计算。单通道对象，Amean计算矩阵表达山谷。 PLMset，vsn和ExpressionSet假设是用于这一目的的单通道。

If object is a matrix, it is assumed to contain log-intensities if the values are all positive and log-ratios otherwise. Amean is computed in the former case but not the latter.
如果object是一个矩阵，它是假设，如果包含log的强度值都是积极的和log比率，否则。 Amean计算在前者的情况下，而不是后者。


值----------Value----------

A list with components
与组件列表


参数：exprs
numeric matrix of log-ratios or log-intensities
log或log强度比数字矩阵


参数：weights
numeric matrix of weights
数字矩阵的权


参数：probes
data.frame of probe-annotation
探测数据框的注释


参数：Amean
numeric vector of average log-expression for each probe
每个探针的数字平均log表达向量


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth



参见----------See Also----------

02.Classes gives an overview of data classes used in LIMMA.
02.Classes给在LIMMA使用的数据类的概述。

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