R语言 limma包 02.Classes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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02.Classes(limma)
02.Classes()所属R语言包：limma

                                        Classes Defined by this Package
                                         此包中定义的类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This package defines the following data classes.
此包定义了以下数据类。

A class used to store raw intensities as they are read in from an image analysis output file,
A类用于储存原料的强度，因为他们是从图像分析输出文件中读取，

Intensities converted to M-values and A-values, i.e., to with-spot and whole-spot contrasts on the log-scale. Usually created from an RGList using MA.RG or normalizeWithinArrays. Objects of this class contain one row for each spot.
强度转换到M值和A值，即，log规模与现场和整个现场对比。通常创建RGList使用MA.RG或normalizeWithinArrays。这个类的对象包含一个行的每个点。

A class to store raw intensities for one-channel microarray data. May or may not be background corrected.
A类存储为一个通道的微阵列数据的原始强度。可能会或可能不会背景纠正。

A class to store normalized log2 expression values for one-channel microarray data.
A类规范化的log2表达值存储为一个通道的微阵列数据。

Store the result of fitting gene-wise linear models to the normalized intensities or log-ratios. Usually created by lmFit.
存放装修基因明智归强度或注销比率线性模型的结果。通常创建lmFit。

Store the results of testing a set of contrasts equal to zero for each probe. Usually created by decideTests.
存储的一套等于每个探针零对比测试的结果。通常创建decideTests。

All these data classes obey many analogies with matrices. In the case of RGList, MAList, EListRaw and EList, rows correspond to spots or probes and columns to arrays. In the case of MarrayLM, rows correspond to unique probes and the columns to parameters or contrasts. The functions summary, dim, length, ncol, nrow, dimnames, rownames, colnames have methods for these classes. Objects of any of these classes may be subsetted. Multiple data objects may be combined by rows (to add extra probes) or by columns (to add extra arrays).
所有这些数据类服从与许多类比矩阵。在RGList，MAList，EListRaw和EList，行对应点或探针和列数组。 在MarrayLM的情况下，行对应独特的探针和列参数或对比。职能summary，dim，length，ncol，nrow，dimnames，rownames，colnames有这些类的方法。这些类的任何对象可以子集。可合并多个数据对象行（添加额外的探针）或列（添加额外的阵列）。

Furthermore all of these classes may be coerced to actually be of class matrix using as.matrix, although this entails loss of information. Fitted model objects of class MArrayLM can be coerced to class data.frame using as.data.frame.
此外，这些类都可能被强迫实际上是类matrix用as.matrix，虽然这带来的信息损失。拟合模型对象类MArrayLM类data.frame用as.data.frame可以强迫。

The first three classes belong to the virtual class LargeDataObject. A show method is defined for LargeDataOjects which uses the utility function printHead.
前三个类属于虚拟类LargeDataObject。被定义为show的使用效用函数LargeDataOject一个printHead方法。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth

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