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R语言 les包 plot,Les-method()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 23:07:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
plot,Les-method(les)
plot,Les-method()所属R语言包:les

                                        plot method for class Les
                                         图法类莱斯

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The 'plot' method plots the estimates of the 'les' package along the genome. This includeds Lambda with confidence intervals and estimated regions.
的“图”的方法“LES”沿基因组包图的估计。这includeds Lambda置信区间估计的区域。


用法----------Usage----------


plot(x, y, ...)

## S4 method for signature 'Les'
plot(x, y, chr, error="none", region=FALSE, limit=TRUE,
rug=FALSE, xlim, ylim=c(0, 1),  ...)



参数----------Arguments----------

参数:x
Object of class 'Les', as returned by 'estimate', 'threshold' or 'ci'.
类LES,估计,阈值或词返回的对象。


参数:y
Annotation object, currently not used.
注释对象,目前不使用。


参数:chr
Character or numeric specifying which chromosome to plot. Must have a match in 'chr' passed to 'Les'. A value is required if the probes are located on more than one chromosome.
字符或数字,指定绘制的染色体。必须有一个传递给LES字符匹配。如果探针位于多个染色体上的一个值。


参数:error
Character string specifying if error estimates for Lambda should be plotted (default: "none"). Valid values are "none" for no error estimates and "ci" for confidence intervals computed by the 'ci' method.
字符串指定如果错误Lambda估计应绘制(默认是:“无”)。有效的值是“无”,没有错误估计和“CI”,“CI”的方法计算的置信区间。


参数:region
Logical indicating whether the estimated regions should be included in the plot. The 'regions' method must have been called beforehand.
逻辑说明是否估计的区域,应包括在图。的“区域”的方法,必须事先被称为。


参数:limit
Logical specifying whether the estimated threshold Theta should be indicated on the y-axis if estimated (default: TRUE).
逻辑指定的估计阈值Theta是否应y轴表示,如果估计(默认:true)。


参数:rug
Logical whether the positions of the probes should be indicated along the x-axis (default: FALSE). For details see 'rug'.
逻辑是否探针的位置应沿x轴(默认:false)表示。有关详细信息,请参阅“地毯”。


参数:xlim
Numeric vector with two elements specifying the range on the x-axis.
数字向量有两个指定x轴范围内的元素。


参数:ylim
Numeric vector with two elements specifying the range on the y-axis.
数字向量有两个元素指定y轴的范围。


参数:...
Optional arguments used in order to customize the plot. See the "details" section.
可选参数,以定制的图。看到“细节”部分。


Details

详情----------Details----------

This method provides high-level plotting for the 'Les' class.
这种方法提供了高层次的策划“莱斯”类。

The plot method uses a special system in order to customize the graphical elements of the figure. It allows to refer to the different components with the name of the additional input argument; its value is a list containing named graphical parameters for the underlying plot function. The following list describes the possible names and their contribution.
plot方法使用一个特殊的系统,以自定义图形元素的身影。它允许额外的输入参数的名称,以不同的组件,它的值是一个列表,其中包含命名的图形参数为基础的绘图功能。以下列表描述了可能的名字和他们的贡献。




plotArgs Arguments for the axis and the labeling, passed to the
plotArgs轴和标签的参数,传递给




borderArgs Arguments for the border lines at Lambda equal to 0 and 1, passed to the
borderArgs在Lambda等于0和1,边界线的参数传递给




errorArgs Arguments for the confidence interval of Lambda, passed to the plotCI function of the
errorArgs为Lambda的置信区间参数,通过plotCI功能




probeArgs Arguments for the representation of probes,
probeArgs参数探针的代表性,




limitArgs Arguments for the horizontal line representing the threshold Theta, passed to
limitArgs为代表的阈值Theta水平的参数,传递给




sigArgs Arguments for the representation of significant probes with <i>Lambda equal or
sigArgs参数为陈述或的显著探针与LAMBDA平等<I>的




rugArgs Arguments for the representation of the probe
rugArgs参数探针的代表性




regionArgs Arguments  for the representation of estimated LES, passed to the rect function. If 'col' is specified as a function it determines the color of each region depending on its input Lambda (default: gray()). If 'col' is a vector its elements are used to color the regions
regionArgs参数估计就业辅导组表示,通过rect功能。如果作为一个函数中指定的“彩色”,它决定了每个区域的颜色取决于其输入Lambda(默认是:灰色())。如果col的是一个向量,其元素用于颜色的区域


作者(S)----------Author(s)----------



Julian Gehring

Maintainer: Julian Gehring &lt;julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de&gt;




参见----------See Also----------

Package: les-package
包装:les-package

Class: Les
类别:Les

Methods and functions: Les estimate threshold regions ci chi2 export plot
方法和功能:Lesestimatethresholdregionscichi2exportplot


举例----------Examples----------


data(spikeInStat)

x <- Les(pos, pval)
x <- estimate(x, 200)
x <- threshold(x)
x <- regions(x)

plot(x, region=TRUE)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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