export,Les-method(les)
export,Les-method()所属R语言包：les
export
出口
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Exports the results into files for interaction with other software. Estimated regions can be exported in 'bed' and 'gff' format, Lambda in 'wig' format.
出口到与其他软件的交互文件的结果。估计的区域，可以在床和GFF格式，Lambda“假发”格式导出。
用法----------Usage----------
export(object, file, format="bed", chr, range, description = "Lambda",
strand=".", group="les", precision=4, ...)
## S4 method for signature 'Les'
export(object, file, format="bed", chr, range,
description = "Lambda", strand=".", group="les", precision=4, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
Object of class 'Les' containing experimental data, as returned by 'estimate' or 'regions'.
类“莱斯”含实验“估计”或“区域”传回的数据，对象。
参数：file
Character string specifying the file path and name for export.
字符串指定文件的路径和名称出口。
参数：format
Character string with the export format (default: 'bed'). Possible values are 'bed' and 'gff' for export of the estimated regions and 'wig' for export of Lambda for the probes. If set to 'bed' or 'gff' the method 'regions' has to be run beforehand. Partial matches are also possible. For details on the formats please see the 'Details' section.
出口格式的字符串（默认：“床”）。可能的值是床和GFF估计区域的出口和“假发”探针Lambda出口。如果设置为床或GFF的方法区域有事先运行。也有可能部分匹配。有关格式的详细信息，请参阅“详细资料”部分。
参数：chr
Character string specifying the chromosome from which results should be exported. This value must be set if exporting to 'wig' format, for other formats is optional. 'chr' must have exactly one match in the 'chr' argument specified in 'Les'.
字符串指定从结果应出口的染色体。必须设置此值，如果出口到“假发”的格式，其他格式是可选。 “CHR”必须在“CHR的说法完全匹配LES指定。
参数：range
Numeric vector specifying the range of probe positions which should be exported. If missing all probes of the chromosome will be exported. This value has only an effect if 'format' is set to 'wig'.
数字矢量指定的范围应出口的探针位置。如果缺少染色体探针将用于出口。此值只有一个，如果“格式”设置为“假发”的效果。
参数：description
Character string with description for the exported track (default: 'Lambda'). This will be used as description by several programs and genome browsers.
（默认：“拉姆达”）与描述字符串为导出的曲目。这将被用来作为描述几个方案和基因组浏览器。
参数：strand
Character string with strand specification for 'gff' export (default: '.'). Possible values are '+', '-' or '.'.
链“GFF”出口规范（预设：。）的字符串。可能的值是+ - 或。。
参数：group
Character string with group specifications of the resulting regions in 'gff' format (default: 'les').
“GFF”格式（默认：“LES”）中所产生的区域组规格的字符串。
参数：precision
Integer specifying the number of digits Lambda should be rounded to for export to 'wig' format (default: 4).
位数的整数，指定Lambda应四舍五入到出口的“假发”格式（默认值：4）。
参数：...
Further arguments passed to subsequent functions.
进一步的参数传递给后续的功能。
Details
详情----------Details----------
This function is useful to export the estimated Lambda to external programs and genome browsers.
此功能是有用的出口估计的Lambda外部程序和基因组浏览器。
The 'bed', 'gff' and 'wig' format provide widely used standard formats and are compatible with most genome browsers and related software. For details about the file formats see http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html.
的“床”，“GFF”和“假发”的格式提供了广泛使用的标准格式，与大多数的基因组浏览器和相关软件兼容。有关文件的细节格式见http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html的。
作者（S）----------Author(s)----------
Julian Gehring
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参见----------See Also----------
Package: les-package
包装：les-package
Class: Les
类别：Les
Methods and functions: Les estimate threshold regions ci chi2 export plot
方法和功能：Lesestimatethresholdregionscichi2exportplot
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data(spikeInStat)
x <- Les(pos, pval)
x <- estimate(x, 200)
x <- threshold(x)
x <- regions(x)
export(x, file="test.bed")
export(x, file="test.gff", format="gff")
export(x, file="test.wig", format="wig", chr=0)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 23:06:32
