R语言 KEGGSOAP包 search.glycans.by.name()函数中文帮助文档(中英文对照)

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search.glycans.by.name(KEGGSOAP)
search.glycans.by.name()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interface to obtain a list of chemical glycans
                                         客户端接口，以获得化学聚糖

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The functions provide access to KEGG LIGAND database  http://www.genome.jp/kegg/ligand.html. Given a glycan name,  a composition, a molecular weight, or a common sub-structure,  one of the functions below can return a list of glycans  identifiers from KEGG LIGAND database.
该功能提供访问KEGG配体数据库http://www.genome.jp/kegg/ligand.html。由于糖的名称，组成，分子量，或一个共同的子结构，下面的功能之一，可以从KEGG配体数据库返回聚糖标识符的列表。


用法----------Usage----------


search.glycans.by.name(name)
search.glycans.by.composition(composition)
search.glycans.by.mass(mass, range)
search.glycans.by.kcam(kcf, program, option, offset, limit)



参数----------Arguments----------

参数：name
name a character string to indicate a glycan name
name一个字符串，表明糖的名称


参数：composition
composition a character string to indicate  the composition of monosaccharides  
composition字符串表示单糖组成


参数：mass
mass a float to indicate the mass computed from the composition, excluding those in parentheses
mass一个浮点数来表示组成计算的质量，在括号内的除外


参数：range
range a float to indicate the range of molecular weight when searching glycans by mass
range一个浮动搜索质量聚糖时，表明分子量范围


参数：kcf
kcf a character string to indicate the molecular structure (carbohydrate sequence) of a glycan in KCF format  
kcf字符串表明KCF格式的糖分子结构（碳水化合物顺序）


参数：program
program a character string, either "gapped" or "ungaped"
program字符串，无论是“跳空”或“ungaped”


参数：option
option a character string, either "global" or "local"
option字符串，无论是“全球”或“地方”


参数：offset
offset an integer
offset整数


参数：limit
limit an integer   
limit整数


Details

详情----------Details----------

search.glycans.by.name returns a list of glycans having the specified name;
search.glycans.by.name返回具有指定名称的聚糖名单;

search.glycans.by.composition returns a list of glycans containing sugars indicated by the composition. Order of the sugars (in parenthesis with number) is insensitive;
search.glycans.by.composition返回一个列表包含的组成表示糖聚糖。糖的秩序（括号内数字）是敏感的;

search.glycans.by.mass returns a list of glycans having the molecular weight around "mass" with some ambiguity (range);
search.glycans.by.mass返回的周围有一些模糊（范围）的“质量”与分子量的聚糖名单;

search.glycans.by.subcomp returns a list of glycans with  the alignment having common sub-structure calculated by the KCaM  program. You can obtain a KCF formatted structural data of matched  glycans using bget with the "-f m" option to confirm the alignment.
search.glycans.by.subcomp返回聚糖对准公共子结构计算由KCaM程序的列表。您可以取得KCF格式化匹配聚糖的结构数据，使用bget“F M”选项以确认对齐。


值----------Value----------

All the functions return a character vector of glycan identifiers provided by KEGG LIGAND database
所有的函数返回KEGG配体数据库提供了聚糖识别的特征向量


作者（S）----------Author(s)----------


Nianhua Li



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


        glycans_1 <- search.glycans.by.name("Paragloboside")
        glycans_2 <- search.glycans.by.composition("(Man)4 (GalNAc)1")
        glycans_3 <- search.glycans.by.mass(689.6, 0.1)
        kcf <- bget("-f k gl:G12922")
        glycans_4 <- search.glycans.by.kcam(kcf, "gapped", "local", 1, 5)

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