mark.pathway.by.objects(KEGGSOAP)
mark.pathway.by.objects()所属R语言包：KEGGSOAP
Client-side interface to obtain an url for a KEGG pathway diagram
客户端界面KEGG通路图获得一个URL
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given a KEGG pathway id and a set of KEGG gene ids, the functions return the URL of a KEGG pathway diagram with the elements corresponding to the genes marked by red or specified color
给予KEGG通路ID和一套KEGG基因IDS，函数返回的元素对应红色或指定的颜色标记的基因KEGG通路图的网址
用法----------Usage----------
mark.pathway.by.objects(pathway.id, object.id.list)
color.pathway.by.objects(pathway.id, object.id.list,
fg.color.list, bg.color.list)
参数----------Arguments----------
参数：pathway.id
pathway.id a character string for a KEGG pathway id. KEGG pathway ids consist of the string path followed by a colon, a three-letter code for the organism of concern, and then a number (e. g. "path:eco00020"). The three-letter organism code consists of the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern
pathway.id为KEGG通路ID字符串。 KEGG通路的ID字符串路径，后跟一个冒号，一个生物体的关注的三个字母的代码，然后一个数字（如“路径：eco00020”）。三个字母的有机体代码由属名的第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母
参数：object.id.list
object.id.list a vector of character strings for KEGG gene ids. KEGG gene ids normally consist of three letters followed by a column and then several numeric numbers. The three letters are from the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern (e. g. hsa:111 for Homo Sapiens)
object.id.list一个KEGG基因ID的字符串向量。 KEGG基因IDS通常由一列，然后几个数字号码后面的三个字母。这三个字母是由属名第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母（如HSA：111智人）
参数：fg.color.list
fg.color.list a vector of two character strings to indicate the color for the text and border, respectively, of the objects in a pathway diagram. The strings can either be a color code linke \#ff0000 or letter link yellow
fg.color.list两个字符串向量来表示文字和边框的颜色，分别在通路图的对象，。字符串可以是一个颜色代码临客\＃FF0000或字母链接黄色
参数：bg.color.list
bg.color.list a vector of character strings of the same length of object.id.list to indicate the background color of the objects in a pathway diagram. The strings can either be a color code like \#ff0000 or letter like yellow
bg.color.list相同长度的字符串向量object.id.list指示的一个途径，图中的对象的背景颜色。该字符串可以是一个颜色代码，如\＃FF0000或像黄信
Details
详情----------Details----------
This function only returns the URL of the KEGG pathway diagram. Use the function browseURL to view the diagram
这个函数只返回KEGG通路图的URL。使用功能browseURL查看图
值----------Value----------
This function returns a character string for the url
这个函数返回字符串的URL
作者（S）----------Author(s)----------
Jianhua Zhang
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
url <- mark.pathway.by.objects("path:eco00260",
c("eco:b0002", "eco:c00263"))
if(interactive()){
browseURL(url)
}
url <- color.pathway.by.objects("path:eco00260",
c("eco:b0002", "eco:c00263"),
c("#ff0000", "#00ff00"), c("#ffff00", "yellow"))[FF0000“，”＃00FF00“），C（”＃FFFF00“，”黄“））]
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 23:03:35
