R语言 KEGGSOAP包 get.paralogs.by.gene()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.paralogs.by.gene(KEGGSOAP)
get.paralogs.by.gene()所属R语言包：KEGGSOAP

                                        Client-side interface to obtain data for paralogous genes
                                         客户端接口来获取数据paralogous基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a KEGG gene id, the function queries the KEGG Sequence Similarity Database (SSDB) for genes that are paralogous to the target gene. Paralogous genes result from duplication of existing genes and then function divergence  
鉴于一个KEGG基因id，函数查询旁系靶基因的基因是KEGG序列的相似度数据库（SSDB）。从现有的基因和功能分歧的重复paralogous基因结果


用法----------Usage----------


get.paralogs.by.gene(genes.id, start, max.results)



参数----------Arguments----------

参数：genes.id
genes.id a character string for the id used by KEGG to represent the gene of interest. The id normally consists of three letters followed by a colon and then several numbers. The three letters are from the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern (e. g. hsa:111 for Homo Sapiens)  
genes.id为KEGG代表感兴趣的基因所使用的ID的字符串。 ID通常由三个字母，后跟一个冒号，然后几个数字。这三个字母是由属名第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母（如HSA：111智人）


参数：start
start an integer to indicate the location of the entry in the query results from which the results will be extracted and returned
start一个整数来表示条目的查询结果中的位置将被提取并返回结果


参数：max.results
max.results an integer to indicate the maximum number of entries that will be extracted from the query results and returned
max.results整数表示从查询结果将提取的最大条目数，并返回


Details

详情----------Details----------

A given gene may have several paralogous genes. A query to SSDB may have a list of genes that are paralogous to the target gene. start and max.results indicate where on the list to start and stop to extract data and return the results.
一个特定基因可能有多个paralogous基因。一个查询SSDB可能是旁系的靶基因的基因，有一个列表。 start和max.results表示，名单上启动和停止提取数据并返回结果。


值----------Value----------

The function returns a list of lists. Each sub-list contains data for a gene that is paralogous to the target gene with the following elements:
该函数返回一个列表。每个子列表中包含一个基因是旁系包含下列元素的靶基因的数据：


参数：genes\_id1
a character string for the id of the target gene used to query for hologous genes
为id用来查询为hologous基因的靶基因的字符串


参数：genes\_id2
a character string for the id of the homologous gene found in another organism
为同源基因的ID字符串在另一生物体的发现


参数：sw\_score
an integer for Smith-Waterman score between genes\_id1 and genes\_id2
Smith-Waterman算法得分基因\ _id1和基因\ _id2之间的整数


参数：bit\_score
a numeric value for the bit score between genes\_id1 and genes\_id2  
为数值之间的基因\ _id1和基因\ _id2位得分


参数：identity
a numeric value between 0 and 1 for the degree of identity between genes\_id1 and genes\_id2
基因\ _id1和基因\ _id2度之间的身份为0和1之间的数值


参数：overlap
an integer for the overlapping length between genes\_id1 and genes\_id2  
基因\ _id1和基因\ _id2之间的重叠长度的整数


参数：start\_position1
an integer for the start position of the alignment in genes\_id1  
在基因\ _id1对齐的起始位置的整数


参数：end\_position1
an integer for the end position of the alignment in genes\_id1  
在基因\ _id1整数对齐的结束位置


参数：start\_position2
an integer for the start position of the alignment in genes\_id2  
在基因\ _id2对齐的起始位置的整数


参数：end\_position2
an integer for the end position of the alignment in genes\_id2  
在基因\ _id2整数对齐的结束位置


参数：best\_flag\_1to2
a boolean that is TRUE if genes\_id2 is the best neighbor gene of genes\_id1
一个布尔值，这是事实，如果基因\ _id2是最好的邻居基因，基因\ _id1


参数：best\_flag\_2to1
a boolean that is TRUE if genes\_id1 is also the best neighbor gene of genes\_id2
一个布尔值是TRUE，如果基因\ _id1也是最好的邻居基因的基因\ _id2


参数：definition1
a character string for the definition of genes\_id1
\ _id1基因的定义为字符串


参数：definition2
a character string for the definition of genes\_id2
\ _id2基因的定义为字符串


参数：length1
an integer for the amino acid length of the genes\_id1
\ _id1基因的氨基酸长度的整数


参数：length2
an integer for the amino acid length of the genes\_id2
\ _id2基因的氨基酸长度的整数


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


        paraGenes <- get.paralogs.by.gene("eco:b0002", 1, 10)

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