R语言 KCsmart包 plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot(KCsmart)
plot()所属R语言包：KCsmart

                                        Plot a sample point matrix
                                         画出一个样本点矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the sample point matrix or parts of it
画出采样点矩阵或部分


用法----------Usage----------


plot(x,y, ...)
## S4 method for signature 'scaleSpace,missing'
plot(x, y, spm, type='b', ...)
## S4 method for signature 'samplePointMatrix,missing'
plot(x, y, type="b", sigLevels=NULL, chromosomes=NULL, colinAxis=NULL, fillColor=NULL, maploc=NULL, interpolation=1, main=NULL, col=NULL, ylim=NULL, add=F, ...)
## S4 method for signature 'compKc,missing'
plot(x, sigRegions=NULL, type="1", chromosomes=NULL, colinAxis=NULL, maploc=NULL, interpolation=1, main=NULL, col1=NULL, col2=NULL, ylim=NULL, add=F, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
either an object of class samplePointMatrix, scaleSpace or compKc
任何一个对象类samplePointMatrix，scaleSpace或compKc


参数：y
object of class missing
类对象失踪


参数：type
Determines which data is plotted. 'g' for gains only, 'l' for losses only and 'b' and '1' for both in one plot device
确定哪些数据绘制。 G的收益，“L”只损失和B和1，无论是在一个图设备


参数：spm
add stuff here
此新增的东西


参数：sigRegions
The significant regions as calculated by the compKcSigRegions function
显著区域的，由compKcSigRegions计算功能


参数：sigLevels
If given, the cutoffs will be drawn as lines in the plots. Optional  
如果给定的截止将绘制为图中的线。可选


参数：chromosomes
Takes a vector of chromosomes to be plotted. Defaults to all chromosomes.  
要绘制的染色体向量。所有染色体的默认。


参数：colinAxis
Allows you to override default behaviour of axis labeling. Choose False for genomic position labeling for each individual chromosome, True for colinear labeling.
允许你重载轴标签的默认行为。选择为每个染色体的基因组位置标记，共线标签的真伪。


参数：fillColor
Allows you to choose the colors used to fill the significant areas under the curve. Takes a list with the 'pos' element giving the color for the gains and the 'neg' element the color for the losses.  
允许您选择用来填充曲线下的重大领域的颜色。注意到POS提供的收益的颜色和“负”的元素损失的颜色元素的一个列表。


参数：maploc
Currently not in use
目前没有在使用


参数：interpolation
Determines which points from the sample point matrix will actually be plotted. If the value of 'interpolation' is n, then every n-th point will be plotted. The default value of 1 will results in all points being plotted. This can be useful when a high density sample point matrix results in big file size when exporting the image (especially to pdf or eps format).
确定从采样点矩阵指出，实际上将被绘制。如果“插值”的价值是n，然后将绘制每n个点。 1在所有被绘制点的意愿结果的默认值。大文件大小的高密度采样点矩阵结果导出图像时（尤其是PDF或EPS格式），这可能是有用的。


参数：main
Set the title of the plot
图设置标题


参数：col
Set the color of the plotted lines
设置绘制的线的颜色


参数：col1
Set the color of the plotted lines
设置绘制的线的颜色


参数：col2
Set the color of the plotted lines
设置绘制的线的颜色


参数：ylim
Set the y-axis limits
设置y轴限制


参数：add
When set to true the plot is added to the current plot device
当设置为true的图被添加到当前的打印设备


参数：...
Any other parameters you would like to pass to 'plot'. See 'par' for more details.
你想的任何其他参数传递给图。详情请参阅“看齐”。


值----------Value----------

Plots the sample point matrix. The gains and the losses are plotted separately. The KC normalized score is plotted on the y-axis, the genomic position on the x-axis. If centromeres are present these are represented by dotted, lightblue lines. Setting type to 'b' or to '1' will both make the plot appear in one plot device, '1' will plot the gains and the losses in one plot, 'b' will plot the gains and losses separately. Using the 'add' flag it is possible to add a plot to the current plot device. The 'col' and 'ylim' arguments can be used to set the color of each plot and the plot regions. The function 'idPoints' can be used to identify points in the sample point matrix plot. See the corresponding documentation for details.
图样本点矩阵。分别绘制的收益和损失。 y轴，x轴的基因组位置上绘制的KC归得分。如果存在着丝粒，这些星罗棋布，浅蓝线表示。类型设置B或1的图出现在一个图设备，1将积积于一身的收益和损失，B将绘制的收益和损失分别。使用“添加”标志，它是当前的图设备添加一个图。可以用来设置每个小区的色彩和图区域的“彩色”和“ylim的论点。函数idPoints“可以用来确定采样点矩阵图中的点。有关详情，请参阅相应的文档。

In case of plotting a compKc object, col1 and col2 can be used to set the colors of the group 1 and group 2 mean values respectively.
在图compKc对象的情况下，可用于col1和col2分别设置1组和2组平均值的颜色。


作者（S）----------Author(s)----------


Jorma de Ronde



参见----------See Also----------

calcSpm, plotScaleSpace, idPoints
calcSpm，plotScaleSpace，idPoints


举例----------Examples----------


data(hsSampleData)
data(hsMirrorLocs)

spm1mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs)

plot(spm1mb)
plot(spm1mb, interpolation=10)
plot(spm1mb, chromosomes=c(1,4,'X'))

siglevel1mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm1mb, n=3)
plot(spm1mb, chromosomes=c(1,4,'X'), sigLevels=siglevel1mb)
plot(spm1mb, chromosomes=c(1,4,'X'), sigLevels=siglevel1mb, fillColor=list(pos='darkred',neg='darkgreen'))


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