R语言 iSeq包 plotreg()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotreg(iSeq)
plotreg()所属R语言包：iSeq

                                        A function used to plot enriched genomic regions
                                         函数用来绘制丰富的基因组区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function used to plot enriched genomic regions.
函数用来绘制丰富的基因组区域。


用法----------Usage----------


plotreg(gpos,ipct,conct,peak,col=c("yellow","green","grey0","blue"))



参数----------Arguments----------

参数：gpos
A n by 2 matrix or data frame. The rows correspond to genomic bins. The first and second columns contain the start and end positions of the genomic windows/bins, respectively.
由2矩阵或数据框N。行对应的基因组箱。第一和第二列包含基因的窗口/桶的开始和结束位置，分别。


参数：ipct
A n by 2 matrix containing the ChIP tag counts corresponding to the bins in gpos. ipct[,1] contains the counts for the chain 1 (usually the forward chain); ipct[,2] contains the counts for the chain 2 (usually the reverse chain).
列印含有芯片的标签由2矩阵计算相应的GPO中的垃圾箱。 ipct [1]包含链1（通常是正向链）计数; ipct [2]包含2链（通常是反向链）计数。


参数：conct
A n by 2 matrix containing the control tag counts corresponding to the bins in gpos. ipct[,1] contains the counts for the chain 1 (usually the forward chain); ipct[,2] contains the counts for the chain 2 (usually the reverse chain).
一个包含控制标签列印2矩阵计算相应的GPO中的垃圾箱。 ipct [1]包含链1（通常是正向链）计数; ipct [2]包含2链（通常是反向链）计数。


参数：peak
A vector containing the peak (center) positions of the genomic regions.
一个向量峰（中心）的基因组区域的位置。


参数：col
The colors used to fill the rectangles. col[1] is used for ipct[,1], col[2] for ipct[,2], col[3] for conct[,1] and col[4] for conct[,2], respectively.
用来填充矩形的颜色。 COL [1]是为ipct [，1]，COL 2] ipct [2]，彩色[3] conct [1]和Col [4] conct [2]，分别。


值----------Value----------

No value returned.
没有返回值。


作者（S）----------Author(s)----------


Qianxing Mo <a href="mailto:moq@mskcc.org">moq@mskcc.org</a>



参考文献----------References----------

data analysis. Biostatistics, Advance Access published September 13, 2011. doi:10.1093/biostatistics/kxr029

参见----------See Also----------

iSeq1, iSeq2, peakreg,mergetag
iSeq1，iSeq2，peakreg，mergetag


举例----------Examples----------


#see the example in iSeq1 [看到在iSeq1例子]


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