R语言 inveRsion包 scanInv()函数中文帮助文档(中英文对照)

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scanInv(inveRsion)
scanInv()所属R语言包：inveRsion

                                         Inversion scan
                                         反转扫描

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function scans a whole chromosome in search for inversion events. The scan is done by fitting an inversion model to all segments in the chromosome with fixed length size.
此功能在搜索反转事件的整个染色体进行扫描。扫描完成固定长度的大小反演模型拟合染色体各阶层。


用法----------Usage----------


scanInv(objectHaploCode, window, maxSteps = 30, geno = FALSE, saveRes = TRUE, saveBlocks=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：objectHaploCode
Object of class HaploCode produced by the codeHaplo function.  
类的对象HaploCode生产codeHaplo函数。


参数：window
numeric, size of the window in mega-basis.  
numeric，在大型基础窗口的大小。


参数：maxSteps
numeric, maximum number of iteration in the EM algorithm for the inversion model  
numeric，最大数量的EM算法迭代反演模型


参数：geno
logical. Whether the original data is genotypes or phases haplotypes.   
logical。无论是原始数据是基因型或阶段的单体型。


参数：saveRes
logical. Whether results should be saves into file invRes.RData   
logical。结果是否应保存到文件“invRes.RData


参数：saveBlocks
logical. Whether save blocks for each candidate break point.   
logical。是否保存每个候选人破发点块。


Details

详情----------Details----------

The function processes the haplotypes coded in objectHaploCode. If subsequent re-runs are requires for different window sizes, this object can be omitted. The function will thus search the local directory for previous results to speed up further scans.
函数处理objectHaploCode编码的单体型。如果随后重新运行需要不同的窗口大小，这个对象可以被省略。以前的结果，以加快进一步扫描的功能，从而将搜索本地目录。


值----------Value----------

object of class scan
对象类scan


作者（S）----------Author(s)----------



Alejandro Caceres <a href="mailto:acaceres@creal.cat">acaceres@creal.cat</a>



参见----------See Also----------

HaploCode , scan   
HaploCode，scan


举例----------Examples----------


data(hapCode)
window<-0.5
scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=FALSE,geno=FALSE,saveBlocks=FALSE)
scanRes
plot(scanRes)

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