segmentYeastBF(imageHTS)
segmentYeastBF()所属R语言包：imageHTS
Segmentation of yeast cells and ring-shaped objects.
酵母单元的分割和环形对象。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
segmentYeastBF segments yeast cells from bright field microscopy images. segmentRing segments ring-shape objects in images.
segmentYeastBF段从明场显微镜图像的酵母单元。 segmentRing段环形状对象的图像。
用法----------Usage----------
segmentYeastBF(x, uname, p, access)
segmentRing(a, p)
参数----------Arguments----------
参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。
参数：uname
A character string, containing the well name to segment.
一个字符串，包含井段的名称。
参数：p
A list of character vectors, containing the segmentation parameters. This is the output of parseDCF, given an input segmentation configuration file. See details.
特征向量的一个列表，包含分割参数。这是parseDCF的输出，输入分割的配置文件。查看详情。
参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are local, server and cache, the default. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效的值是local，server和cache，默认。看到fileHTS详情。
参数：a
An EBImage image object or a matrix containing the image to segment.
一个EBImage图像对象或矩阵包含图像进行分割。
Details
详情----------Details----------
segmentYeastBF is a high-level segmentation function that can be specified in the seg.method field of a segmentation configuration file, called by the higher-level function segmentWells.
segmentYeastBFseg.method场分割配置文件称为更高层次的功能segmentWells，可以在指定的是一个高层次的分割功能。
segmentRing is used by segmentYeastBF and segments an image containing ring-shaped objects. The list of parameters p should contain:
segmentRingsegmentYeastBF和段图像环形对象。参数p列表应包含：
edge.threshold: a threshold parameter giving the cell edges
edge.threshold：给一个阈值参数，单元边缘
max.membrane.thickness: the maximum membrane thickness, in pixels
max.membrane.thickness“：最大的膜的厚度，以像素为单位
crown.thickness: the membrane thickness, in pixels
crown.thickness：膜的厚度，以像素为单位
crown.steps: a vector of 3 values, containing the minimum cell diameter, the maximum cell diameter, and the step between all possible diameters
crown.steps：3个值，包含最小的单元直径，单元直径最大，步骤之间的所有可能的直径向量
locmin.threshold.width: the adaptive threshold window width to compute the local minima, to call cell centers
locmin.threshold.width：自适应阈值窗口的宽度来计算的局部极小，打检测给单元中心
locmin.threshold.offset: the adaptive threshold window offset
locmin.threshold.offset：自适应阈值窗口偏移
locmin.erode.size: the size of the erode paramter cleaning up the local minima map
locmin.erode.size：清理局部极小图的侵蚀下参数的大小
cell.max.overlap: the maximum cell overlap size, in pixels
cell.max.overlap：最大的单元重叠大小，以像素为单位
nucleus.radius.offset: the nucleus radius negative offset
nucleus.radius.offset：核半径负偏移
cell.radius.offset: the cell radius negative offset
cell.radius.offset：小区半径的负偏移
值----------Value----------
segmentYeastBF returns a list containing three EBImage images: cal, the calibrated image; nseg, the nucleus mask and cseg, the cell mask.
segmentYeastBF返回一个列表，其中包含3EBImage图片：cal，校准的图像;nseg，核面具和cseg，单元面膜。
segmentRing returns a list containing two EBImage images: nseg, the nucleus mask and cseg, the cell mask.
segmentRing返回一个列表，其中包含两个EBImage图片：nseg，核面具和cseg，单元面膜。
作者（S）----------Author(s)----------
Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010
参见----------See Also----------
segmentWells, segmentATH
segmentWells，segmentATH
举例----------Examples----------
filename = system.file('yeast.jpeg', package='imageHTS')
a = readImage(filename)
if (interactive()) display(a)
p = list(edge.threshold=0.05, max.membrane.thickness=5, crown.thickness=8,
crown.steps=c(31, 61, 4), locmin.threshold.width=9, locmin.threshold.offset=0.15,
locmin.erode.size=3, cell.max.overlap=2, nucleus.radius.offset=10,
cell.radius.offset=4)
seg = segmentRing(a, p)
hseg = highlightSegmentation(EBImage::channel(a, 'rgb'), cseg=seg$cseg, thick=TRUE)
if (interactive()) display(hseg)
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发表于 2012-2-25 22:17:17
