R语言 IdMappingRetrieval包 AnnotationDavidCsv()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AnnotationDavidCsv(IdMappingRetrieval)
AnnotationDavidCsv()所属R语言包：IdMappingRetrieval

                                        The AnnotationDavidCsv class
                                         AnnotationDavidCsv类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Package:   <br> Class AnnotationDavidCsv<br>
包装方式：参考的类AnnotationDavidCsv参考

Object<br> ~~|<br> ~~+--Annotation<br> ~~~~~~~|<br> ~~~~~~~+--AnnotationDavid<br> ~~~~~~~~~~~~|<br> ~~~~~~~~~~~~+--AnnotationDavidCsv<br>
Object参考~~|参考~~+--  Annotation参考~~~~~~~|参考~~~~~~~+--  AnnotationDavid参考~~~~~~~~~~~~|参考~~~~~~~~~~~~+--  AnnotationDavidCsv参考

Directly known subclasses:<br> <br>
直接已知子类：参考参考

public static class AnnotationDavidCsv<br> extends AnnotationDavid<br>
公共静态的类AnnotationDavidCsv参考扩展AnnotationDavid参考

The AnnotationDavidCsv class encapsulates the functionality allowing to retrieve data from the DAVID backend annotation file system through the Annotation.getIdMap() and Annotation.getDataFrame() calls on this object. The DAVID backend annotation file system requires to submit the request through the e-mail for convertion of one ID type to another. Within a day, the user recieves an email reply containing the link to the resulting conversion file.The results are returned in a form of a tab delimited headerless file containing the match pairs, one pair per line. The AnnotationDavidCsv object encapsulates the functionality allowing to interactively choose the resulting files and convert it into a data frame during the Annotation.getIdMap() and Annotation.getDataFrame() calls on the AnnotationDavidCsv object.
AnnotationDavidCsv类的封装功能，允许通过的Annotation.getIdMap（）检索的来自大卫后端注释文件系统的数据，和Annotation.getDataFrame（）调用这个对象。大卫后端注释文件系统，需要通过电子邮件提交请求一个ID类型的皈依。在一天之内，用户接待含有制表符分隔headerless比赛对，一对，每行包含文件的形式返回转换锉的结果链接的电子邮件答复。的AnnotationDavidCsv对象封装的功能，允许以交互方式选择生成的文件，并转换成期间的Annotation.getIdMap的数据框（）和Annotation.getDataFrame（）调用上AnnotationDavidCsv对象。


用法----------Usage----------


AnnotationDavidCsv(cacheFolderName="DavidCsv", primaryColumn="AFFY_ID", secondaryColumn="UNIPROT_ACCESSION", swap=TRUE, df_filename=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：cacheFolderName
The symbolic name of a service represented by a given AnnotationDavidCsv object.
符号名称的由代表某一AnnotationDavidCsv对象的服务。


参数：primaryColumn
Primary column to be retrieved from a data frame obtained from the Affymetrix annotation repository when getIdMap() is called. Default is 'AFFY_ID'.
主列被检索从Affymetrix的注释库，当getIdMap（）被称为“所得的数据框。默认为“AFFY_ID”。


参数：secondaryColumn
Secondary column to be retrieved from a data frame obtained from the Affymetrix annotation repository when getIdMap() is called. Default is 'UNIPROT_ACCESSION'.
辅助列进行检索从Affymetrix的注释库，当getIdMap（）被称为“所得的数据框。默认是UNIPROT_ACCESSION“。


参数：swap
Logical indicating if primary and secondary column(s) need to be swapped at the end of the IdMap retrieval during the getIdMap() call.Default is TRUE.
逻辑表示如果需要交换的idMap检索在getIdMap（小学和中学列（S））call.DefaultTRUE。


参数：df_filename
Character string or NULL. In the first case the character string contains the name of conversion results file and in the second case the file name is determined interactively through the Open File dialog during the call to getIdMap() or getDataFrame() on the AnnotationDavidCsv object.
字符串或NULL。在第一种情况下，字符串包含转换结果文件名和文件名，在第二种情况下决定通过在通话过程中打开文件“对话框为getIdMap（）或getDataFrame（上AnnotationDavidCsv对象）交互。


参数：...
Additional parameters, see Annotation.
额外的参数，请参阅Annotation。


字段和方法----------Fields and Methods----------

Methods:<br> No public methods defined.
方法：参考没有定义的公共方法。

Methods inherited from AnnotationDavid:<br> getColumns, readDF
从AnnotationDavid继承的方法：参考调用getColumns，readDF

Methods inherited from Annotation:<br> getArrayType, getArrayTypes, getColumns, getCredentials, getDataFrame, getFolderName, getIdMap, getRoot, getServiceRoot, init, readDF, setCredentials, setOptions
方法继承注释：的参考getArrayType，getArrayTypes，调用getColumns，getCredentials，getDataFrame，getFolderName，getIdMap，getRoot，getServiceRoot，初始化，readDF，setCredentials，setOptions

Methods inherited from Object:<br> $, $<-, [[, [[<-, as.character, attach, attachLocally, clearCache, clone, detach, equals, extend, finalize, gc, getEnvironment, getFields, getInstantiationTime, getStaticInstance, hasField, hashCode, ll, load, objectSize, print, registerFinalizer, save
从Object继承的方法：参考$，$ < -  [[[[< -  as.character，附加，attachLocally，clearCache，克隆，分离，等于，扩展，定型，GC，getEnvironment，getFields， getInstantiationTime，getStaticInstance，hasField的hashCode，LL，负载，objectSize，打印，registerFinalizer，功能save


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Lisovich, Roger Day

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注：
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