R语言 IdMappingRetrieval包 Annotation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Annotation(IdMappingRetrieval)
Annotation()所属R语言包：IdMappingRetrieval

                                        The Annotation class
                                         注记类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Package:   <br> Class Annotation<br>
包：参考类注释参考

Object<br> ~~|<br> ~~+--Annotation<br>
Object参考~~|参考~~+--  Annotation参考

Directly known subclasses:<br> AnnotationAffx, AnnotationDavid, AnnotationDavidCsv, AnnotationEnsembl, AnnotationEnsemblCsv, AnnotationEnvision, AnnotationNetAffx<br>
直接已知子类：参考AnnotationAffx，AnnotationDavid AnnotationDavidCsv，AnnotationEnsembl，AnnotationEnsemblCsv，AnnotationEnvision，AnnotationNetAffx参考

public abstract static class Annotation<br> extends Object<br>
公共抽象的静态类注释参考延伸对象参考

This is the base annotation class from which the concrete classes like AnnotationAffx, AnnotationEnvision etc. are derived
这是碱基注释等派生类从哪个像AnnotationAffx的，具体的类AnnotationEnvision


用法----------Usage----------


Annotation(cacheFolderName="", primaryColumn="From", secondaryColumn="To", swap=FALSE, species="Homo sapiens", verbose=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：cacheFolderName
The path to a service cashing directory for a given Annotation object. The path is relative to the caching subsystem root directory. Default is 'Affymetrix'
服务兑现一个给定的注释对象的目录的路径。缓存子系统的根目录是相对路径。默认是“Affymetrix公司”


参数：primaryColumn
Primary column to be retrieved from a data frame obtained for a given service when getIdMap() on a given annotation object is called. Default is 'From'.
要检索的数据框从一个给定的服务时，一个给定的注释对象的getIdMap（）被称为获得主列。默认是“从”。


参数：secondaryColumn
Secondary column(s) to be retrieved from a data frame obtained for a given service when getIdMap on a given annotation object is called. Default is 'To'.
要检索一个数据框从一个给定的服务时，在一个给定的注释对象getIdMap被称为获得第二列（S）。默认为要。


参数：swap
A logical indicating if primary and secondary column(s) need to be swapped at the end of the IdMap retrieval during the getIdMap() call.Default is FALSE.
一个logical如果需要交换的idMap检索在getIdMap（小学和中学列（S））call.Default是：FALSE。


参数：species
A character vector or NA indicating if filtering of the results on a particular set of species should be performed if a given service provides the species information. If NA, no filtering is performed. Default is "Homo sapiens".
应执行一个character向量或NA如果结果表明过滤一套特定的物种，如果一个特定的服务提供了物种的信息。如果NA，没有过滤的。默认是“智人”。


参数：verbose
if TRUE enables diagnostic messages. Default is FALSE.
如果TRUE使诊断消息。默认FALSE。


参数：...
Additional parameters
额外的参数


字段和方法----------Fields and Methods----------

Methods:<br>
方法：<BR>

getArrayType
getArrayType

getArrayTypes
getArrayTypes

getCredentials
getCredentials

getDataFrame
getDataFrame

getFolderName
getFolderName

getIdMap
getIdMap

getRoot
getRoot

getServiceRoot
getServiceRoot

init
init

setCredentials
setCredentials

setOptions
setOptions

Methods inherited from Object:<br> $, $<-, [[, [[<-, as.character, attach, attachLocally, clearCache, clone, detach, equals, extend, finalize, gc, getEnvironment, getFields, getInstantiationTime, getStaticInstance, hasField, hashCode, ll, load, objectSize, print, registerFinalizer, save
从Object继承的方法：参考$，$ < -  [[[[< -  as.character，附加，attachLocally，clearCache，克隆，分离，等于，扩展，定型，GC，getEnvironment，getFields， getInstantiationTime，getStaticInstance，hasField的hashCode，LL，负载，objectSize，打印，registerFinalizer，功能save


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Lisovich, Roger Day

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