buildChromLocation.2(idiogram)
buildChromLocation.2()所属R语言包：idiogram
A function to generate an instantiation of a chromLocation class
函数产生一个chromLocation类的实例
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function will take the name of a data package and build a chromLocation object representing that data set. It has also been modified to allow further breakup of the chromLocs.
此函数将一个数据包的名称，并表示该数据集的建立chromLocation对象。它也被修改，以进一步解体允许的chromLocs的。
用法----------Usage----------
buildChromLocation.2(dataPkg,major=NULL)
参数----------Arguments----------
参数：dataPkg
The name of the data package to be used
要使用的数据包名称
参数：major
name of major breakpoint by which to divide chromosomes, "arms", "bands", and "mb" currently work.
目前的工作主要断点的名字，其中分裂染色体，“武器”，“带”，“MB”。
Details
详情----------Details----------
The requested data set must be available in the user's .libPaths(), and the function will throw an error if this is not the case.
请求的数据集必须在用户的.libPaths()，函数将抛出一个错误，如果这种情况并非如此。
If the data package is present, the necessary information will be extracted from the data package and a chromLocation object will be created.
目前，如果数据包是必要的信息会被提取的数据包，将创建一个chromLocation对象。
If "major" is set to "arms", the the chromLocs object is populated with data from the chromosome arms; "1p", "1q", "2p", etc... Rat and Human chromsomes follow this pattern , so data packages from both species should work with this function.
如果“主要”设置为“武器”，chromLocs对象填充数据从染色体臂“1P”，“第一季度”，“2P”，等等......老鼠和人类chromsomes遵循这个模式，所以这两个物种的数据包应该具有这种功能。
If "major" is set to "bands", the chromosomes are divided up based upon which band they fall into.
如果“主要”设置为“带”，染色体分为根据他们落入哪个乐队。
If "major" is set to "mb", chromosomes are split into 3000+ megabase segments. Note, this creates a very large chromLocation object.
如果“主要”设置为“MB”，染色体分裂成3000 +碱基片段。请注意，此，创建非常大chromLocation对象。
Note, "major" can contain multiple breakpoint names, eg. major=c("arms","bands")
请注意，“大”可以包含多个断点的名称，例如。主要= C（“武器”，“带”）
If the "major" argument is used, it stores a list of the extra chromosome names. chromLoc@chromLocs$armList - (or bandList, mbList)
如果使用“重大”的说法，它保存了一个额外的染色体名列表。 chromLoc@chromLocs$armList - （或bandList，mbList）
值----------Value----------
A chromLocation object representing the specified data set.
一个chromLocation对象代表指定的数据集。
作者（S）----------Author(s)----------
Main author: Jeff Gentry with minor additions by: Karl Dykema
举例----------Examples----------
## A bit of a hack to not have a package dependency on hgu95av2[＃一个黑客位没有上hgu95av2包依赖]
## but need to fiddle w/ the warn level to not fail the example anyways.[＃但需要摆弄W / WARN级别不失败的例子反正。]
curWarn <- getOption("warn")
options(warn=0)
on.exit(options(warn=curWarn), add=TRUE)
if (require(hgu95av2) & require(idiogram)) {
data(Hs.cytoband)
z <- buildChromLocation.2("hgu95av2",major="arms")
} else print("This example requires the hgu95av2 data package")
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发表于 2012-2-25 22:12:23
