R语言 iChip包 lmtstat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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lmtstat(iChip)
lmtstat()所属R语言包：iChip

                                        A wrapper function used to calculated the limma t-statistics
                                         一个包装函数，用于计算limma t-统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A wrapper function used to calculated the empirical Bayes t-statistics (limma t-statistics) using functions in the limma package.
一个包装函数用于计算的经验Bayes t-统计量（t-统计limma）使用功能在limma包。


用法----------Usage----------


lmtstat(IP,CON)



参数----------Arguments----------

参数：IP
Data matrix for IP-enriched samples, where the rows and columns correspond to the probes and sample replicates, respectively.  The number of replicates must be greater than one. If CON is missing, IP is assumed to be in log-ratio format (e.g. log2(IP-enriched/control)).  In this case, paired t-statistics are calculated. If CON is NOT missing, IP and CON are assumed to be the normalized intensities for the IP-enriched and control samples,  respectively.  In this case, two-sample t-statistics are calculated.
IP丰富的样品，其中的行和列对应的探针和样品的数据矩阵，分别复制。重复次数必须大于一。如果缺少CON是，知识产权被认为是在数比格式（例如的log2（IP-enriched/control））。在这种情况下，配对t-统计量的计算。如果CON是不缺，IP和CON被认为是丰富的IP和控制样本归强度，分别。在这种情况下，两样本t-统计量的计算。


参数：CON
Data matrix for control samples, where the rows and columns correspond to the probes and sample replicates, respectively.  The number of replicates must be greater than one.
数据矩阵为控制样品，行和列对应的探针和样品，分别重复。重复次数必须大于一。


值----------Value----------


参数：
Empirical Bayes t-statistics calculated using functions in the limma package.
经验Bayes t-统计量的计算使用功能在limma包。


作者（S）----------Author(s)----------


Qianxing Mo <a href="mailto:moq@mskcc.org">moq@mskcc.org</a>



参考文献----------References----------

assessing differential expression in microarray experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 3, No. 1, Article 3.

参见----------See Also----------

enrichreg, iChip2,iChip1
enrichreg，iChip2，iChip1


举例----------Examples----------



library(limma)

# load the log2 transformed and quantile-normalized Oct4 data [加载的log2转化和Oct4的分量标准化数据]
data(oct4)
oct4[1:3,]

# calculate the enrichment measurements --- two-sample limma t-statistics[计算富集测量---两样本limma t-统计]
oct4lmt1 = lmtstat(oct4[,5:6],oct4[,3:4])

# calculate paired limma t-statistics for the data that are in[计算配对limma中的数据的t-统计]
# the log-ratio format (e.g., log2(IP-enriched/control))[log比格式（例如，log2（IP-enriched/control））]

oct4log2r = oct4[,5:6] - oct4[,3:4]
oct4lmt2 = lmtstat(oct4log2r)


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