R语言 htSeqTools包 stdPeakLocation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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stdPeakLocation(htSeqTools)
stdPeakLocation()所属R语言包：htSeqTools

                                        Peak density with respect to closest gene.
                                         峰值电流密度最接近基因。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

stdPeakLocation plots the density of peaks with respect to the genomic feature (e.g. gene) in standardized gene coordinates so that genes with different lengths are comparable.
stdPeakLocation图密度峰与尊重，以标准化的基因（如基因）的基因组功能协调，使具有不同长度的基因相媲美。

PeakLocation produces the same plot in non-standardized coordinates (i.e. distances are measured in base pairs).
PeakLocation产生非标准化的坐标（即距离测量碱基对）相同的图。


用法----------Usage----------


stdPeakLocation(x, startpos='start_position', endpos='end_position',
strand='strand', distance, main='', xlab='Distance relative to feature length', xaxt='n',
  xlim=c(-1,2), densityType="kernel", nbreaks=10, ...)

PeakLocation(x, peakDistance=1000, startpos='start_position', endpos='end_position',
strand='strand', distance, main='', xlab='Distance (bp)',
  densityType="kernel", breaks, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A RangedData or data.frame indicating peak start and end in start and end, and start and end of the closest genomic feature (e.g. gene) in startpos and endpos.
一个RangedData或data.frame表示高峰在开始和结束start和end，并开始和结束最接近的基因组功能（如基因）startpos endpos。


参数：peakDistance
Peaks more than peakDistance bases upstream or more than 3*peakDistance downstream of the closest feature are discarded.
峰值超过peakDistance碱基上游或更比3*peakDistance下游最接近的功能将被丢弃。


参数：startpos
Name of the variable storing the start position of the closest genomic feature.
变量的名称存储最接近的基因组功能的起始位置。


参数：endpos
Name of the variable storing the end position of the closest genomic feature.
变量的名称存储最接近的基因组功能的高端位置。


参数：strand
Name of the variable storing the strand for the closest genomic feature.
最接近的基因组功能的存储链的变量的名称。


参数：distance
Name of the variable indicating the distance between the peak and the closest genomic feature. If left missing the distance between the feature start and the mid-point of the peak is computed.
说明高峰和最接近的基因功能之间的距离的变量的名称。如果离开了失踪的功能开始和高峰中点之间的距离计算。


参数：main
Graphical parameter passed on to plot.
图形参数传递plot。


参数：xlab
Graphical parameter passed on to plot.
图形参数传递plot。


参数：xaxt
Graphical parameter passed on to plot.
图形参数传递plot。


参数：xlim
In stdPeakLocation the x-axis limit is set to xlim*peakDistance.  
在stdPeakLocationx轴的限制设置为xlim*peakDistance。


参数：densityType
If we eant a density plot or a histogram. Has to be one of "kernel" (for the density plot) or "hist" for the histogram.
如果，我们eant密度图或直方图。必须是一个“内核”（密度图）或“历史”的直方图。


参数：nbreaks
Number of breaks to be used. It will not be used if densityType is different from "hist".
要使用的中断号。它不会被用于densityType如果从“历史”是不同的。


参数：breaks
This parameter will be passed to the hist plotting function. It will not be used if densityType is different from "hist".
此参数将被传递给hist绘图功能。它不会被用于densityType如果从“历史”是不同的。


参数：...
Further parameters passed on to plot.
进一步的参数传递到plot。


值----------Value----------

This function produces a density plot.
该函数产生一个密度图。


方法----------Methods----------

Methods for stdPeakLocation and PeakLocation
stdPeakLocation和PeakLocation方法




signature(x = "data.frame")  The data frame should contain columns named start and end indicating the peak location, txStart, txEnd indicating transcription start/end of the
signature(x = "data.frame")数据框应包含列名为start和end表示峰值位置，txStart，txEnd表明转录起始/结束




signature(x = "RangedData")  start(x) and end(x) indicate the peak location. x should contain variables x[['txStart']], x[['txEnd']] indicating the transcription start/end of the closest gene and
signature(x = "RangedData")start(x)和end(x)表明峰值的位置。 x应该包含变量x[['txStart']]，x[['txEnd']]表明转录最接近的基因开始/结束


举例----------Examples----------


#Generate synthetic peaks[生成合成峰]
set.seed(1)
st <- runif(100,1,1000)
en <- st+runif(length(st),25,100)
peaks <- RangedData(IRanges(st,en),space='chr1')

#Assign distance to closest gene[分配距离最接近的基因]
#(typically one would call annotatePeakInBatch[（通常一个会致电annotatePeakInBatch的]
#from package ChIPpeakAnno to do this)[从包ChIPpeakAnno做到这一点）]
peaks[['start_position']] <- start(peaks) + runif(nrow(peaks),-500,1000)
peaks[['end_position']] <- peaks[['start_position']] + 500
peaks[['distance']] <- peaks[['start_position']] - start(peaks)
peaks[['strand']] <- sample(c('+','-'),nrow(peaks),replace=TRUE)
PeakLocation(peaks,peakDistance=1000)

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