R语言 htSeqTools包 mergeRegions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mergeRegions(htSeqTools)
mergeRegions()所属R语言包：htSeqTools

                                         Merge nearby chromosomal regions.
                                         合并附近的染色体区域。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Merges regions that are less than maxDist bases apart.
合并，比maxDist碱基除了少的区域。


用法----------Usage----------


mergeRegions(intervals, chromosome, score, annot, aggregateFUN='median', maxDist=300)



参数----------Arguments----------

参数：intervals
Object indicating start and end of each region. It can either be a matrix, data.frame, IRanges, RangedData or an RleViews object. If a matrix or data.frame, it must have columns named start and end.
对象说明每个区域的开始和结束。它可以是一个matrix，data.frame，IRanges，RangedDataRleViews对象的。如果matrix或data.frame，它必须有一个名为start和end列。


参数：chromosome
Chromosome that the region belongs to (optional). If supplied, must be of the same length as start and end.  
染色体，该区域属于（可选）。如果提供的，必须是作为start和end的长度相同。


参数：score
Numerical score for each interval. Scores in merged intervals are aggregated using function aggregateFUN. If intervals is of class RangedData, this should be a character vector of length 1 indicating the name of the variable in values(x) containing the score.
每个间隔的数值得分。在合并后的时间间隔的分数汇总使用功能aggregateFUN。如果intervals类RangedData是，这应该是特征向量的长度1表示values(x)包含的得分变量的名称。


参数：annot
Character indicating annotation information for each interval. Annotations in merged intervals are pasted in a single string (annotations appearing in more than one interval are only reported once in the merged interval).
字符显示每个间隔的注释信息。在合并后的时间间隔的批注被粘贴在一个单一的字符串（注释出现在多个间隔仅在合并后的间隔一次）。


参数：aggregateFUN
Function to aggregate score.
功能总score。


参数：maxDist
Regions less than maxDist apart are merged into a single region
区域比maxDist除合并成一个单一区域的


值----------Value----------

The result is returned in a data.frame indicating the start and end of each merged interval. If the arguments were provided, the information in chromosome, score and annot is provided in additional columns. If the input argument intervals was of class RangedData, the results are returned in a RangedData object.
data.frame表示每个合并的时间间隔的开始和结束时，返回结果。如果参数提供的信息在chromosome，score和annot提供额外的列。如果输入参数intervals类RangedData，结果返回一个RangedData对象。


方法----------Methods----------




signature(intervals = "data.frame")  intervals$start
signature(intervals = "data.frame")intervals$start




signature(intervals = "IRanges")  start(intervals)
signature(intervals = "IRanges")start(intervals)




signature(intervals = "matrix")  The columns start
signature(intervals = "matrix")列start




signature(intervals = "RangedData")  start(intervals)
signature(intervals = "RangedData")start(intervals)




signature(intervals = "RleViews")  start(intervals)
signature(intervals = "RleViews")start(intervals)


作者（S）----------Author(s)----------


David Rossell



举例----------Examples----------


st <- c(10,20,1000)
intervals <- RangedData(IRanges(st,st+10),space='chr1')

intervals
mergeRegions(intervals,maxDist=300)

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