R语言 HTSanalyzeR包 viewGSEA()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

viewGSEA(HTSanalyzeR)
viewGSEA()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Plot a figure of GSEA results for one gene set
                                         GSEA结果为一个基因组绘制图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function.
这是一个通用的功能。

When implemented as the S4 method for objects of class GSCA, this  function plots a figure of the positions of the gene sets in the ranked gene list and the location of the enrichment score.
当实施为S4方法类GSCA，这个函数图图的基因的位置，在排名的基因列表和浓缩得分的位置设置的对象。

To use this function for objects of class GSCA:
使用此功能的类对象GSCA：

viewGSEA(object, gscName, gsName)  
viewGSEA（对象，gscName，gsName）


用法----------Usage----------


viewGSEA(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class  GSCA, this argument is an object of class GSCA.  
一个对象。作为的S4类方法实现此功能时，GSCA，这种说法是一种类GSCA的对象。


参数：...
other arguments. (see below for the arguments supported by class GSCA)  
其他参数。 （见下面的类GSCA支持的参数）


Details

详情----------Details----------

We suggest to print the names of top significant gene sets using the function getTopGeneSets before plotting the GSEA results.
我们建议打印顶级显著基因的名称设置使用功能getTopGeneSets绘制GSEA结果。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参见----------See Also----------

plotGSEA, gseaPlots
plotGSEA，gseaPlots


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load sample data[＃加载样本数据。]
data("KcViab_GSCA")
##print summary of results[＃打印结果摘要]
summarize(KcViab_GSCA, what="Result")
##print top significant gene sets in GO.BP[＃打印顶端在GO.BP的显著基因集]
topPWKEGG<-getTopGeneSets(KcViab_GSCA, "GSEA.results", "PW_KEGG", allSig=TRUE)
##view a gene set[＃查看基因组]
viewGSEA(KcViab_GSCA, "PW_KEGG", topPWKEGG[["PW_KEGG"]][1])

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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