R语言 HTSanalyzeR包 networkAnalysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

networkAnalysis(HTSanalyzeR)
networkAnalysis()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Identify enriched subnetworks
                                         确定富硒子网

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function finds subnetworks enriched for genes with significant phenotypes based on the package 'BioNet'.
此功能与基于包“生物网”的显著表型的基因发现子网丰富。


用法----------Usage----------


networkAnalysis(pvalues, graph, fdr=0.001, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pvalues
a numeric vector of p-values      
数字向量的p值


参数：graph
an object of class graphNEL, used as the interactome in the network analysis  
一个类的对象graphNEL，作为网络分析的相互作用组


参数：fdr
a single numeric value specifying the false discovery for the scoring of nodes (see BioNet::scoreNodes and Dittrich et al., 2008 for details)  
一个单一的数值指定得分节点的虚假的发现（见BioNet::scoreNodes和迪特里希等，有关详细信息，2008年）


参数：verbose
a single logical value indicating to display detailed messages (when verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，该值指示显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

This function takes in a vector of p-values and a graph standing for the interactome to identify the maximum scoring subnetwork based on the BioNet package.
此功能需要在p值的向量图形站在相互作用组，以确定最高得分子网基于生物网包。


值----------Value----------

a subnetwork module of class graphNEL
一类graphNEL子网模块


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参考文献----------References----------

for the functional analysis of biological networks. Bioinformatics. 2010 Apr 15;26(8):1129-30.
functional modules in protein-protein interaction networks: an integrated exact approach. Bioinformatics 2008 24(13):i223-i231.

参见----------See Also----------

networkPlot, viewSubNet, plotSubNet
networkPlot，viewSubNet，plotSubNet


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(BioNet)
##load pvalues (see the vignette for details about the preprocessing of[＃负载pvalues（见预处理的详细信息的小插曲，]
##this data set)[＃此数据集）]
data("KcViab_PVals")
##load interactome[＃加载相互作用组]
data("Biogrid_DM_Interactome")
##identify subnetworks[＃找出子网]
enrichedSubNet <- networkAnalysis(pvalues=KcViab_PVals,
graph=Biogrid_DM_Interactome, fdr=0.001, verbose=TRUE)       

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。