KeggGeneSets(HTSanalyzeR)
KeggGeneSets()所属R语言包:HTSanalyzeR
Create a list of gene sets based on KEGG pathways terms
KEGG通路条款的基础上,创建一个基因集的列表
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function creates a list of gene sets based on KEGG pathways terms. It is species-specific, and returns a list of gene sets, each of which is a character vector of Entrez gene identifiers.
这个函数创建一个KEGG通路条款的基础上的基因集的列表。它是特定物种,并返回一个基因组的列表,其中每个是Entrez基因标识符的字符向量。
用法----------Usage----------
KeggGeneSets(species="Dm")
参数----------Arguments----------
参数:species
a single character value specifying the species: "Dm" ("Drosophila_ melanogaster"), "Hs" ("Homo_sapiens"), "Rn" ("Rattus_norvegicus"), "Mm" ("Mus_musculus") or "Ce" ("Caenorhabditis_elegans"))
一个单一的字符值,指定的种类:“DM”(“Drosophila_果蝇”),“HS”(“Homo_sapiens”),“RN”(的“Rattus_norvegicus”),“MM”(“Mus_musculus” ;)或“CE”(“Caenorhabditis_elegans”))
Details
详情----------Details----------
This function relies on the following packages: GSEABase, KEGG.db.
此功能依赖于下面的软件包:GSEABase,KEGG.db.
值----------Value----------
a list of gene sets, with names as KEGG pathway IDs. Each gene set is a character vector of Entrez gene identifiers.
的基因集的列表,如KEGG通路ID的名称。每个基因组的Entrez基因识别的特征向量。
作者(S)----------Author(s)----------
Camille Terfve, Xin Wang
参见----------See Also----------
GOGeneSets
GOGeneSets
举例----------Examples----------
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
DM_KEGG<-KeggGeneSets(species = "Dm")
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注:
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