hyperGeoTest(HTSanalyzeR)
hyperGeoTest()所属R语言包：HTSanalyzeR
Performs hypergeometric tests for over-representation analysis
执行过的代表性分析超几何测试
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function takes in a single gene set (geneSet), a vector of gene identifiers for all tested genes (universe), a vector of "hits" (hits), and a p-value adjustment method. It outputs a vector containing the size of the gene universe, the size of the gene set within this universe (i.e. how many genes from the universe map to this gene set), the total number of hits, the number of hits expected to occur in the gene set, the actual hits observed in the gene set, and the p-value from a hypergeometric test.
此功能需要在一个单一的基因组（geneSet），所有测试基因（宇宙），“点击”（点击）的向量，一个P-值调整方法的基因标识的向量。它输出一个向量基因宇宙的大小，在这个宇宙（即多少从宇宙图的基因，这种基因组），命中总数，预计将发生在点击数基因的大小基因组，基因组中观察到的实际点击，从超几何测试的p值。
用法----------Usage----------
hyperGeoTest(geneSet, universe, hits)
参数----------Arguments----------
参数：geneSet
a character vector specifying a gene set
基因组指定一个字符向量
参数：universe
a character vector of all gene identifiers (usually all genes tested in a screen)
基因标识的所有特征向量（通常在一个屏幕上所有基因测试）
参数：hits
a character vector of gene identifiers for those genes considered as hits
特征向量的命中考虑这些基因的基因标识
值----------Value----------
a numeric vector containing the size of the gene universe (named by "Universe Size"), the size of the gene set within this universe (i.e. how many genes from the universe map to this gene set (named by "Gene Set Size"), the total number of hits (named by "Total Hits"), the number of hits expected to occur in the gene set (named by "Expected Hits"), the actual hits observed in the gene set (named by "Observed Hits"), and the pvalue from a hypergeometric test (named by "Pvalue").
数字向量的基因宇宙（“宇宙的大小”的名字命名）的大小，该基因的大小设置这个宇宙内（即如何从宇宙图，许多基因的基因组（由名为“基因组大小” ;)，命中总数（“总点击”命名），预计将发生在基因组（命名为“预期点击”）的点击数，实际命中观察到的基因组（名为“观察次数”），并从超几何测试的pvalue（由“Pvalue”命名）。
作者（S）----------Author(s)----------
John C. Rose, Xin Wang
参见----------See Also----------
multiHyperGeoTest
multiHyperGeoTest
举例----------Examples----------
##example 1[＃示例1]
gl <- runif(100, min=0, max=5)
gl <- order(gl)
names(gl) <- as.character(sample(x=seq(from=1, to=100, by=1), size=100,
replace=FALSE))
gs1 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gs2 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gsc <- list(subset1=gs1, subset2=gs2)
hypgeo <- hyperGeoTest(geneSet=gsc[["subset1"]], universe=names(gl),
hits=names(gl)[which(abs(gl) > 2)])
##example 2 [＃示例2]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load phenotype vector (see the vignette for details about the[＃负载型向量（见有关细节的小插曲]
##preprocessing of this data set)[＃这组数据的预处理）]
data("KcViab_Data4Enrich")
##Prepare kegg gene sets[＃准备KEGG基因组]
DM_KEGG<-KeggGeneSets(species="Dm")
##Do the tests[＃做测试]
hypgeoResults <- hyperGeoTest(geneSet=DM_KEGG[[1]], universe=
names(KcViab_Data4Enrich), hits=names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(
KcViab_Data4Enrich) > 2)])
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:56:35
