R语言 HTSanalyzeR包 biogridDataDownload()函数中文帮助文档(中英文对照)

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biogridDataDownload(HTSanalyzeR)
biogridDataDownload()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Download and extract a network interaction matrix from a BioGRID data set
                                         下载并提取数据集BioGRID网络互动矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function downloads an interaction data set from the BioGRID into an user-specified folder and extracts an interaction matrix for a given species.
此功能下载到用户指定的文件夹互动的BioGRID设置数据，并提取特定物种相互作用矩阵。


用法----------Usage----------


biogridDataDownload(link, species = "Dm", dataDirectory=".", verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：link
the link (url) from where the data should be downloaded (in tab2 format). If this argument is missing or NULL, the default link (version 3.1.71, valid on Dec. 5 2010) will be used.  
应下载数据的链接（URL）（TAB2格式）。如果此参数丢失或NULL，默认链接（版本71年3月1日，于2010年12月5日有效）将被使用。


参数：species
a single character value specifying the species for which the data should  be read. The current version supports one of the following species: "Dm"  ("Drosophila_melanogaster"), "Hs" ("Homo_sapiens"), "Rn" ("Rattus_norvegicus"),  "Mm" ("Mus_musculus"), "Ce" ("Caenorhabditis_elegans").         
一个单一的字符值，指定读取数据应种。当前版本支持以下种类之一：“DM”（“Drosophila_melanogaster”），“HS”（“Homo_sapiens”），“RN”（的“Rattus_norvegicus”），“MM”（“ mus_musculus“），”CE“（”Caenorhabditis_elegans）。


参数：dataDirectory
the directory to store downloaded file  
目录来存放下载的文件


参数：verbose
a single logical value specifying to display detailed messages (when  verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，指定显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

This function is made to work on the tab2 format from the Biogrid (i.e.  the first line is a header containing the columns names).
这个函数所做的工作从Biogrid的TAB2格式（即第一行包含列名是一个头）。


值----------Value----------

a matrix with one row for each interaction, and three columns: InteractorA,  InteractorB (both given by their Entrez Identifiers) and InteractionType  (physical or genetic).
与每个互动的一列，三列的矩阵：InteractorA，InteractorB（包括他们的Entrez的标识符）和InteractionType（物理或遗传）。


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参考文献----------References----------

Nucleic Acids Research 2006 34(Database Issue)535-D539

参见----------See Also----------

networkAnalysis, preprocess
networkAnalysis，preprocess


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
InteractionsData<-biogridDataDownload(species="Dm", dataDirectory="TestDir",
verbose=TRUE)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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