R语言 HTqPCR包 plotCtOverview()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCtOverview(HTqPCR)
plotCtOverview()所属R语言包：HTqPCR

                                        Overview plot of qPCR Ct values across multiple conditions.
                                         概述图的定量PCR的Ct值多个条件。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function for high-throughput qPCR data, for showing the average Ct values for features in a barplot, either for individual samples or averaged across biological or technical groups. If Ct values are shown, error bars can be included, or the Ct values can be displayed relative to a calibrator sample.
高通量qPCR数据的功能，显示功能，在barplot平均Ct值，或个别样品，平均横跨生物或技术的群体。如果Ct值显示，误差线可以包括或可显示相对一个校准样品的Ct值。


用法----------Usage----------


plotCtOverview(q, cards = TRUE, genes, groups, calibrator, replicates = TRUE, col, conf.int = FALSE, legend = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。


参数：cards
integer, the cards (samples) to use. Defaults to all.
整数，卡（样品）使用。默认的所有。


参数：genes
vector selecting the features to show. See Details.
向量选择的功能显示。查看详细信息。


参数：groups
vector with groups to average the samples across. If missing all the samples are displayed individually. See Details.
向量与跨组平均样本。如果丢失了所有的样本单独显示。查看详细信息。


参数：calibrator
the value in groups to use as calibrator sample. See Details.
groups使用校准样品的价值。查看详细信息。


参数：replicates
logical, if should values from replicated features in each sample be collapsed or kept separate.
逻辑，如果从每个样品中复制功能的价值应该被倒塌或保持独立。


参数：col
colours to use for each sample or group.
每个样品或组使用的颜色。


参数：conf.int
logical, should the 95 percent confidence interval be shown. See Details.
逻辑，应显示95％的置信区间。查看详细信息。


参数：legend
logical, should a legend be included in the plot.
逻辑，应列入传说图。


参数：...
further arguments passed to barplot.
通过进一步的论据barplot。


Details

详情----------Details----------

If a calibrator is chosen all values will be displayed relative to this, i.e. as Ct(sample)-Ct(calibrator). If there is no calibrator, the full Ct values are shown, including 95% confidence interval if selected. For confidence intervals when there is a calibrator, it's the variation across Ct(sample)-average(Ct(calibrator)) that is shown.       
如果选择校准器的所有值将显示此相对，即CT（样品），CT（校准）。如果有没有校准，充分的Ct值显示，如果选择包括95％的置信区间。置信区间时有校准器，它穿过CT的变化（样本）平均（CT（校准））所示。

When setting replicates=TRUE it is often better to specify genes by name rather than selecting for example the first 10 features using 1:10. This literally only takes the first 10 rows of the data, although some of these features might be replicated elsewhere in the data.
当设置replicates=TRUE指定genes的名字，而不是选择，例如前10个功能，使用一点10往往是更好的。“这从字面上只需要第10行的数据，尽管其中的一些特性数据可能会在其他地方仿效。

The purpose of group is to tell plotCtOverview if any of the samples should be treated as biological replicates, in addition to the technical replicates that might be present on each plate. With e.g. 4 samples and groups=c("A", "B", "C", "D") they're each treated individually, and only replicates features on each plate are considered. However, groups=c("WT", "WT", "WT", "mutant") means that the first 3 are treated as biological replicates; hence for each gene in the barplot there'll be one bar for WT and one for mutant.
的group的目的是要告诉plotCtOverview如果任何样品应被视为生物复制，除了技术上的复制，可能是目前每盘。与如4个样品和groups=c("A", "B", "C", "D")他们每个单独处理，每盘只复制功能，被认为是。然而，groups=c("WT", "WT", "WT", "mutant")表示，第3作为生物治疗的重复，因此每个基因在barplot会有一个条形为野生型和突变型之一。


值----------Value----------

A figure is produced in the current graphics device.
一个数字是在当前图形设备的生产。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



举例----------Examples----------


# Load example data[加载示例数据]
data(qPCRraw)
exPath <- system.file("exData", package="HTqPCR")
samples        <- read.delim(file.path(exPath, "files.txt"))
# Show all samples for the first 10 genes[显示所有样品的第10个基因]
g        <- featureNames(qPCRraw)[1:10]
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, xlim=c(0,90))
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, xlim=c(0,50), groups=samples$Treatment)
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, xlim=c(0,60), groups=samples$Treatment, conf.int=TRUE, ylim=c(0,55))
# Relative to a calibrator sample[相对校准器样品]
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, groups=samples$Treatment, calibrator="Control")
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, groups=samples$Treatment, calibrator="Control", conf.int=TRUE, ylim=c(-0.5,0.5))
plotCtOverview(qPCRraw, genes=g, groups=samples$Treatment, calibrator="LongStarve")

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