prune(hopach)
prune()所属R语言包：hopach
function to prune a HOPACH tree.
功能修剪1 HOPACH的树。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The hopach clustering function identifies a level of the tree with minimum MSS as the main clusters and also runs the tree down all the way to the final level. The prune function allows one to access a level of the tree other than the main clusters or the final level.
聚类功能标识hopach树为主体的聚类以最小的MSS的水平，也运行了所有的方式，最终树。 prune函数允许访问的树比其他主要聚类或最后一级的水平。
用法----------Usage----------
prune(data,hobj,level,dmat=NULL,ord="own")
参数----------Arguments----------
参数：data
data matrix, data frame or exprSet of gene expression measurements. Typically, each column corresponds to an array, and each row corresponds to a gene. For clustering arrays, the arrays appear in the rows and the genes in the columns. All values must be numeric. Missing values are ignored.
数据矩阵，基因表达测量的数据框或exprSet。通常情况下，每一列对应一个数组，每一行对应一个基因。为聚类阵列，阵列中的行和列中的基因出现。所有的值必须是数字。遗漏值将被忽略。
参数：hobj
output of the hopach function.
hopach函数的输出。
参数：level
an integer specifying the level to which the tree should be pruned - can be greater than or less than the level with the main clusters.
一个整数，指定应修剪树的水平 - 可以大于或小于主要聚类的水平。
参数：dmat
matrix of pair wise distances between all genes (arrays). All values must be numeric. If NULL, this matrix is computed using the metric specified by the 'metric' given in hobj. If a matrix is provided, the user is responsible for ensuring that the metric used agrees with that used in computing hobj.
矩阵成对所有基因（阵列）之间的距离。所有的值必须是数字。如果为NULL，这个矩阵计算使用“度量”hobj给予指定的指标。如果一个矩阵，用户负责确保公制使用同意在计算hobj使用。
参数：ord
character string indicating which of the two orderings produced by hopach should be used for the plot. If ord="final", the ordering of elements in the final level of the hierarchical tree is used. If ord="cluster", the ordering from the level of the tree corresponding to the main clusters is used. In both cases, the elements from each cluster will be contiguous. If ord="final", then the medoid element will appear in the middle of each cluster. Else, the ordering depends on the value of ord passed to the hopach function. If ord="none", then the elements are plotted in the same order as in dist.
字符串hopach两个序应图。如果ORD =“最后”，在最后一级的层次树中的元素的顺序使用。如果ORD =“聚类”，从树对应的主要聚类水平的排序。在这两种情况下，从每个聚类的元素将是连续的。如果ORD =“最后”，然后medoid元素将出现在每个聚类中。否则，顺序取决于价值ordhopach函数传递给。如果ORD =“无”，然后绘制在同一顺序的元素在dist。
值----------Value----------
A list with the same components as are returned by the hopach function. The clustering component now contains the specified level instead of the main clusters.
具有相同的组件列表返回hopach函数。现在的聚类组件包含指定的水平，而不是主要的聚类。
作者（S）----------Author(s)----------
Katherine S. Pollard <kpollard@gladstone.ucsf.edu> and Mark J. van der Laan <laan@stat.berkeley.edu>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
hopach, makeoutput
hopach，makeoutput
举例----------Examples----------
mydata<-matrix(rnorm(600),nrow=100)
mydist<-distancematrix(mydata,d="cosangle")
clustresult<-hopach(mydata,dmat=mydist)
level2<-prune(mydata,clustresult,level=2,dmat=mydist,ord="own")
clustresult$clustering$k
level2$clustering$k
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发表于 2012-2-25 21:47:13
