R语言 HELP包 readSampleKey()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readSampleKey(HELP)
readSampleKey()所属R语言包：HELP

                                         Read sample key
                                         阅读样本的关键

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to extract sample key data from a file and link chip ID information with aliases if they exist.
函数提取样品主要数据文件和别名链接芯片ID信息，如果它们存在。


用法----------Usage----------


readSampleKey(file = NULL, chips = NULL, comment.char = "#", sep = "\t")



参数----------Arguments----------

参数：file
the name of the file containing sample key information. Each line of the file is interpreted as a single chip-to-sample map. If it does not contain an absolute path, the file name is relative to the current working directory, getwd(). Tilde-expansion is performed where supported.  Alternatively, file can be a readable connection (which will be opened for reading if necessary, and if so closed at the end of the function call).   file can also be a complete URL.  
包含样本的关键信息的文件名称。文件的每一行被解释为一个单一的芯片样品图。如果它不包含一个绝对路径，文件名是相对于当前的工作目录，getwd()。波浪线扩展进行支持的地方。另外，file可以是一个可读的连接将打开阅读如有必要，如果在函数调用结束时关闭。 file也可以是一个完整的URL。


参数：chips
a character vector specifying a specific chip ID lookup in the sample key, for which the function will return the appropriate sample aliases  
指定一个特定的样品中的关键芯片的ID查找一个字符向量，该函数将返回相应的样品别名


参数：comment.char
character: a character vector of length one containing a single character or an empty string. Use "" to turn off the interpretation of comments altogether.  
性格：特征向量的长度包含单个字符或一个空字符串之一。使用""完全关闭评论的解释。


参数：sep
the field separator character. Values on each line of the file are separated by this character. If sep = "" the separator is "white space", that is one or more spaces, tabs, newlines or carriage returns.  
字段分隔符。文件的每一行的值是通过这个角色分离。如果sep = ""分隔符是“白色空间”，这是一个或多个空格，制表符，换行符或回车。


值----------Value----------

Returns a character vector of sample alias information corresponding to the chips present in the sample key or a subset thereof, specified by the chips input.
返回一个相应的芯片样品的键或子集或其chips输入的指定，目前样本别名信息的特征向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

read.table
read.table


举例----------Examples----------


#demo(pipeline,package="HELP")[演示（管道，包=“帮助”）]

cat("#COMMENT\nCHIP_ID\tSAMPLE\n",file="./sample.key.txt")[评论\ nCHIP_ID \ tSAMPLE \ N“，文件=”。/ sample.key.txt“）]
write.table(cbind(1:10,1001:1010),file="./sample.key.txt",append=TRUE,col.names=FALSE,row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t")
readSampleKey(file="./sample.key.txt")
readSampleKey(file="./sample.key.txt",chips=c(7:10,"NA1","NA2"))

#file.remove("./sample.key.txt")[file.remove（“。/ sample.key.txt”）]

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