R语言 GWASTools包 qualityScoreBySnp()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qualityScoreBySnp(GWASTools)
qualityScoreBySnp()所属R语言包：GWASTools

                                         Mean and median quality score for SNPs
                                         平均数和中位数的单核苷酸多态性的质量得分

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the mean and median quality score, over all scans with a non-missing genotype call, for each SNP.
此函数计算与非缺失型分型所有扫描超过平均数和中位数的质量得分，为每个SNP。


用法----------Usage----------


qualityScoreBySnp(intenData, genoData, scan.exclude = NULL,
                  block.size = 5000, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：intenData
IntensityData object  
IntensityData对象


参数：genoData
GenotypeData object  
GenotypeData对象


参数：scan.exclude
An integer vector containing the id's of scans to be excluded.  
整数向量的ID是要排除扫描。


参数：block.size
Number of SNPs to be read from intenData and genoData at once.
要从intenData和genoData一次读取数个SNPs。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

intenData and genoData must have matching snpID and scanID.
intenData和genoData必须匹配snpID和scanID，。


值----------Value----------

The function returns a matrix with the following columns:
该函数返回与下面的列矩阵：


参数：mean.quality
A vector of mean quality scores for each snp.  
一个向量，意味着每个SNP的质量得分。


参数：median.quality
A vector of median quality scores for each snp.  
每个SNP的平均质量分数向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

IntensityData, GenotypeData, qualityScoreByScan
IntensityData，GenotypeData，qualityScoreByScan


举例----------Examples----------


qualfile <- system.file("extdata", "affy_qxy.nc", package="GWASdata")
qualnc <- NcdfIntensityReader(qualfile)
qualData <- IntensityData(qualnc)

genofile <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
genonc <- NcdfGenotypeReader(genofile)
genoData <- GenotypeData(genonc)

quality <- qualityScoreBySnp(qualData, genoData)
close(qualData)
close(genoData)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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