R语言 GWASTools包 qualityScoreByScan()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qualityScoreByScan(GWASTools)
qualityScoreByScan()所属R语言包：GWASTools

                                         Mean and median quality score for scans
                                         平均数和中位数的扫描质量得分

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the mean and median quality score, over all SNPs with a non-missing genotype call, for each scan.
此函数计算平均数和中位数的质量得分超过所有的SNPs，具有非缺失基因型分型，每次扫描。


用法----------Usage----------


qualityScoreByScan(intenData, genoData,
                   snp.exclude = NULL,
                   verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：intenData
IntensityData object  
IntensityData对象


参数：genoData
GenotypeData object  
GenotypeData对象


参数：snp.exclude
An integer vector containing the id's of SNPs to be excluded.  
整数向量的ID是被排除在外的SNPs。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

intenData and genoData must have matching snpID and scanID. Y chromosome SNPs are excluded for females.  A "sex" variable must be present in the scan annotation slot of intenData or genoData.
intenData和genoData必须匹配snpID和scanID，。 Y染色体SNP的女性被排除在外。一个“性”的变量必须是目前扫描在intenData或genoData的注释插槽。


值----------Value----------

The function returns a matrix with the following columns:
该函数返回与下面的列矩阵：


参数：mean.quality
A vector of mean quality scores for each scan  
平均质量分数为每个扫描矢量


参数：median.quality
A vector of median quality scores for each scan.  
质量评分中位数为每个扫描矢量。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

IntensityData, GenotypeData, qualityScoreBySnp  
IntensityData，GenotypeData，qualityScoreBySnp


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
qualfile <- system.file("extdata", "affy_qxy.nc", package="GWASdata")
qualnc <- NcdfIntensityReader(qualfile)
# need scan annotation with sex[需要扫描的注释与性别]
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
qualData <- IntensityData(qualnc, scanAnnot=scanAnnot)

genofile <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
genonc <- NcdfGenotypeReader(genofile)
genoData <- GenotypeData(genonc, scanAnnot=scanAnnot)

quality <- qualityScoreByScan(qualData, genoData)
close(qualData)
close(genoData)

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