R语言 GWASTools包 pedigreeFindDuplicates()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pedigreeFindDuplicates(GWASTools)
pedigreeFindDuplicates()所属R语言包：GWASTools

                                         Identify and remove duplicates from a pedigree
                                         识别并删除重复从系谱

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

pedigreeFindDuplicates identifies duplicates of individuals within a family and checks that pedigree data on duplicates is consistent.  pedigreeDeleteDuplicates removes duplicates from a pedigree.
pedigreeFindDuplicates在一个家庭内的个人识别重复和检查，对重复的系谱数据是一致的。 pedigreeDeleteDuplicates从家谱中删除重复的。


用法----------Usage----------


pedigreeFindDuplicates(pedigree, verbose = TRUE)

pedigreeDeleteDuplicates(pedigree, duplicates)



参数----------Arguments----------

参数：pedigree
A dataframe containing the pedigree information for the samples to be examined with columns labeled "family", "individ", "mother", "father" and "sex" containing the identity numbers of the family, individual, individual's mother, individual's father and individual's gender (coded as "M" or "F") .
包含的信息被标记为“家庭”，“individ”，“母亲”，“父亲”和“性”，包含家庭，个人，个人的身份证号码列检查样品的系谱一个dataframe母亲，父亲个人的和个人的性别（代号为“M”或“F”）。


参数：duplicates
dataframe with columns "family" (family id) and "individ" (individual id)
dataframe同列“家庭”（家庭ID）和“个别”（个人ID）


参数：verbose
Logical value specifying whether or not to show progress information.        
逻辑值，指明是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

The output of pedigreeFindDuplicates can be provided to pedigreeDeleteDuplicates in order to generate a new pedigree with duplicates removed.
可提供pedigreeFindDuplicatespedigreeDeleteDuplicates输出，以产生新谱系删除与重复。


值----------Value----------

The output of pedigreeFindDuplicates is list containing two dataframes:
的pedigreeFindDuplicates输出是列表，其中包含2 dataframes：


参数：dups.mismatch
A dataframe containing the family id, individual id and number of copies for any duplicates with mismatching pedigree data
一个包含与不匹配的系谱数据dataframe家庭ID，个人ID和任何重复的份数


参数：dups.match
A dataframe containing the family id, individual id and number of copies for any duplicates with matching pedigree data
一个包含相匹配的系谱数据dataframe家庭ID，个人ID和任何重复的份数

The output of pedigreeDeleteDuplicates is a pedigree identical to pedigree, but with duplicates removed.
的pedigreeDeleteDuplicates输出是在家系相同，但随着重复删除pedigree。


作者（S）----------Author(s)----------


Cecilia Laurie




参见----------See Also----------

pedigreeClean,  pedigreeCheck, pedigreePairwiseRelatedness
pedigreeClean，pedigreeCheck，pedigreePairwiseRelatedness


举例----------Examples----------


family <- c(1,1,1,1,2,2,2,2)
individ <- c(1,2,3,3,4,5,6,6)
mother <- c(0,0,1,1,0,0,4,4)
father <- c(0,0,2,2,0,0,5,5)
sex <- c("F","M","F","F","F","F","M","M")
pedigree <- data.frame(family, individ, mother, father, sex)
duplicates <- pedigreeFindDuplicates(pedigree)
pedigree.no.dups <- pedigreeDeleteDuplicates(pedigree, duplicates$dups.match)

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