R语言 GWASTools包 hetBySnpSex()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hetBySnpSex(GWASTools)
hetBySnpSex()所属R语言包：GWASTools

                                        Heterozygosity by SNP and sex
                                         由单核苷酸多态性的杂合性和性别

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the percent of heterozygous genotypes for males and females for each SNP.
此函数计算每个SNP的男性和女性的杂合子基因型％。


用法----------Usage----------


hetBySnpSex(genoData, scan.exclude = NULL,
            verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object
GenotypeData对象


参数：scan.exclude
An integer vector containing the id's of scans to be excluded.  
整数向量的ID是要排除扫描。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

This function calculates the percent of heterozygous genotypes for males and females for each SNP given in genoData. A "sex"  variable must be present in the scan annotation slot of genoData.
此函数计算在genoData％的男性和女性为每个SNP杂合子基因型。一个“性”的变量必须在扫描注释插槽genoData。


值----------Value----------

The result is a matrix containing the heterozygosity rates with snps as rows and 2 columns ("M" for males and "F" for females).
结果是一个矩阵，包含行和2列（“M”代表男性和“F”为女性）与单核苷酸多态性的杂合率。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie




参见----------See Also----------

GenotypeData, hetByScanChrom
GenotypeData，hetByScanChrom


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)

# need scan annotation with sex[需要扫描的注释与性别]
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
genoData <-  GenotypeData(nc, scanAnnot=scanAnnot)

het <- hetBySnpSex(genoData)
close(genoData)

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