R语言 GWASTools包 getVariable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getVariable(GWASTools)
getVariable()所属R语言包：GWASTools

                                        Accessors for variables in GenotypeData and IntensityData classes and
                                         访问器变量在GenotypeData和IntensityData类和

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These generic functions provide access to variables associated with GWAS data cleaning.
这些通用功能提供GWAS的数据清理与相关变量的访问。


用法----------Usage----------


  getScanVariable(object, varname, ...)
  getScanID(object, ...)
  getSex(object, ...)
  getSnpVariable(object, varname, ...)
  getSnpID(object, ...)
  getChromosome(object, ...)
  getPosition(object, ...)
  getVariable(object, varname, ...)
  getGenotype(object, ...)
  getQuality(object, ...)
  getX(object, ...)
  getY(object, ...)
  getBAlleleFreq(object, ...)
  getLogRRatio(object, ...)
  getAnnotation(object, ...)
  getMetadata(object, ...)
  getQuery(object, statement, ...)

  hasScanAnnotation(object)
  hasScanVariable(object, varname)
  hasSex(object)
  hasSnpAnnotation(object)
  hasSnpVariable(object, varname)
  hasVariable(object, varname)
  hasQuality(object)
  hasX(object)
  hasY(object)
  hasBAlleleFreq(object)
  hasLogRRatio(object)

  nsnp(object)
  nscan(object)

  XchromCode(object)
  XYchromCode(object)
  YchromCode(object)
  MchromCode(object)

  writeAnnotation(object, value, ...)
  writeMetadata(object, value, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
Object, possibly derived from or containing NcdfReader-class, ScanAnnotationDataFrame-class, SnpAnnotationDataFrame-class, ScanAnnotationSQLite-class, or SnpAnnotationSQLite-class.
对象，可能来自或含有NcdfReader-class，ScanAnnotationDataFrame-class，SnpAnnotationDataFrame-class，ScanAnnotationSQLite-class或SnpAnnotationSQLite-class。


参数：varname
Name of the variable (single character string, or a character vector for multiple variables).
变量（单个字符的字符串，或一个多变量的特征向量）的名称。


参数：statement
SQL statement to query ScanAnnotationSQLite-class or SnpAnnotationSQLite-class objects.
SQL语句查询ScanAnnotationSQLite-class或SnpAnnotationSQLite-class对象。


参数：value
data.frame with annotation or metadata to write to ScanAnnotationSQLite-class or SnpAnnotationSQLite-class objects.
与注释或元数据写入ScanAnnotationSQLite-class或SnpAnnotationSQLite-class对象的数据框。


参数：...
Additional arguments.
额外的参数。


值----------Value----------

get methods return vectors or matrices of the requested variables (with the exception of getQuery, which returns a data frame).
get方法返回请求变量的向量或矩阵（getQuery，它返回一个数据框除外）。

has methods return TRUE if the requested variable is present in object.
has方法返回true，如果请求的变量是目前在object。

nsnp and nscan return the number of SNPs and scans in the object, repectively.
nsnp和nscan返回的SNPs数量和扫描对象，repectively。

XchromCode, XYchromCode, YchromCode, and MchromCode return the integer chromosome codes associated with X, pseudoautosomal, Y, and mitochondrial SNPs.
XchromCode，XYchromCode，YchromCode，MchromCode返回整数染色体的X，拟常，y，和线粒体单核苷酸多态性相关的代码。


作者（S）----------Author(s)----------


Stephanie Gogarten



参见----------See Also----------

ScanAnnotationDataFrame-class, SnpAnnotationDataFrame-class, ScanAnnotationSQLite-class, SnpAnnotationSQLite-class, NcdfReader-class, NcdfGenotypeReader-class, NcdfIntensityReader-class, GenotypeData-class, IntensityData-class
ScanAnnotationDataFrame-class，SnpAnnotationDataFrame-class，ScanAnnotationSQLite-class，SnpAnnotationSQLite-class，NcdfReader-class，NcdfGenotypeReader-class，NcdfIntensityReader-class，GenotypeData-class，IntensityData-class

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