R语言 GWASTools包 chromIntensityPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

chromIntensityPlot(GWASTools)
chromIntensityPlot()所属R语言包：GWASTools

                                         Plot B Allele Frequency and/or Log R Ratio, R or Theta values for samples by probe position on a chromosome
                                         图B等位基因频率和/或logR比R或的Theta值，样品探针在一条染色体上的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function creates plots for one or more of the 'B AlleleFreq', 'Log R Ratio', 'R' or 'Theta' values for given sample by chromosome combinations.  
这个函数创建一个或多个“B AlleleFreq的图，R比率登录”，“R”或“西塔”为给定的样本值由染色体组合。


用法----------Usage----------


chromIntensityPlot(intenData, scan.ids, chrom.ids,
                   type = c("BAF/LRR", "BAF", "LRR", "R", "Theta", "R/Theta"),
                   code = NULL, main.txt = NULL,
                   abln = NULL,  horizln = c(1/2, 1/3, 2/3),
                   colorGenotypes = FALSE, genoData = NULL,
                   colorBatch = FALSE, batch.column = NULL,
                   snp.exclude = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：intenData
IntensityData object, must contain at least one of 'BAlleleFreq', 'LogRRatio', 'X', 'Y'.  
IntensityData对象，必须包含至少有一个“BAlleleFreq，LogRRatio”，“X”，“Y”。


参数：scan.ids
A vector containing the sample indices of the plots.
包含的图样本指数的一个向量。


参数：chrom.ids
A vector containing the chromosome indices of the plots.
一个向量，包含染色体指数的图。


参数：type
The type of plot to be created.  'BAF/LRR' creates both 'B Allele Freq' and 'Log R Ratio' plots. 'R/Theta' creates both 'R' and 'Theta' plots.  
要创建的绘图类型。 “曝气生物滤池/ LRR类创建两个”B等位基因频率“和”logR比率图。 “R /西塔创建两个”R“和”西塔“图。


参数：code
A character vector containing the titles to be used for each plot. If NULL then the title will be the sample number and the chromosome.
每个小区使用的标题字符向量。如果NULL然后标题是样本数和染色体。


参数：main.txt
Text that will be written in the title on all plots created.  
创建文本将在标题中写上所有图。


参数：abln
A vector of values that is of length 2*length(scan.ids).  Each pair of entries specifies where vertical lines will be drawn in each plot. This is especially useful when drawing the start \& end breakpoints for anomalies, for example.  Use -1 as one pair value for plots that warrant only one line. By default, no lines will be drawn.  
长度2*length(scan.ids)值的向量。对每个条目指定将在各个小区的垂直线。这是特别有用的异常情况时，例如，开始\结束断点。作为一个只有一行的图，保证对值-1。默认情况下，没有线将绘制。


参数：horizln
A vector containing the y-axis values at which a horizontal line will be drawn in B Allele Frequency plots.
一个向量，y轴的值在一条水平线上，将在B等位基因频率图绘制。


参数：colorGenotypes
A logical value specifying whether to color-code the points by called genotype.  if TRUE, genoData must be given also.
一个逻辑值，指明是否颜色代码被称为基因型点。如果TRUE，genoData必须给出了。


参数：genoData
GenotypeData object, required if colorGenotypes=TRUE.
GenotypeData对象，要求如果colorGenotypes =TRUE。


参数：colorBatch
A logical value specifying whether to color-code the points by sample batch (e.g, plate).  If TRUE, batch.column must also be specified.
一个逻辑值，指定是否颜色代码范例批次的点（例如，盘）。如果TRUE，batch.column也必须被指定。


参数：batch.column
A character string indicating which annotation variable in intenData should be used as the batch.
批次应作为一个字符串，指示在intenData注释变量。


参数：snp.exclude
An integer vector giving the IDs of SNPs to exclude from the plot.
给予一个整数向量的单核苷酸多态性的ID排除积。


参数：...
Other parameters to be passed directly to plot.
其他参数将直接传递到plot。


Details

详情----------Details----------

For all plots, a vertical line is drawn every one eigth of the chromosome. For the Log R Ratio plot, the y-axis has been given the range of (-2,2).
对于所有的图，绘制一条垂直线每一个染色体的第八位。 y轴的logR比图，已发出（-2,2）的范围。


作者（S）----------Author(s)----------


Caitlin McHugh, Cathy Laurie



参见----------See Also----------

IntensityData, GenotypeData,
IntensityData，GenotypeData


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
data(illumina_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(illumina_scan_annot)
blfile <- system.file("extdata", "illumina_bl.nc", package="GWASdata")
blnc <- NcdfIntensityReader(blfile)
intenData <-  IntensityData(blnc, scanAnnot=scanAnnot)

genofile <- system.file("extdata", "illumina_geno.nc", package="GWASdata")
genonc <- NcdfGenotypeReader(genofile)
genoData <-  GenotypeData(genonc, scanAnnot=scanAnnot)

scanID <- getScanID(scanAnnot, index=1)
chromIntensityPlot(intenData=intenData, scan.ids=scanID,
                   chrom.ids=22, type="BAF/LRR", code="interesting sample",
                   colorGenotypes=TRUE, genoData=genoData)
close(genoData)
close(intenData)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。