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apartSnpSelection(GWASTools)
apartSnpSelection()所属R语言包：GWASTools

                                        Random selection of SNPs
                                         随机选择的SNPs

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Randomly selects SNPs for which each pair is at least as far apart as the specified basepair distance.
随机选择的SNPs为每对至少为指定的碱基距离相距甚远。


用法----------Usage----------


apartSnpSelection(chromosome, position, min.dist = 1e+05,
                  init.sel = NULL,  max.n.chromosomes = -1,
                  verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：chromosome
An integer vector containing the chromosome for each SNP.  Valid values are 1-26, any other value will be interpreted as missing and not selected.  
每个SNP的染色体含有一个整数向量。有效的值是1-26，任何其他值将被解释为失踪和未选中。


参数：position
A numeric vector of the positions (in basepairs) of the SNPs.  
一个数字的位置矢量（碱基对）的SNP。


参数：min.dist
A numeric value to specify minimum distance required (in basepairs).  
一个数值来指定所需的最小距离（碱基对）。


参数：init.sel
A logical vector indicating the initial SNPs to be included.  
要包括一个逻辑向量，说明最初的单核苷酸多态性。


参数：max.n.chromosomes
A numeric value specifying the maximum number of SNPs to return per chromosome, "-1" means no number limit.  
指定的最大数量的SNPs返回每个染色体的数值，“-1”表示没有数量限制。


参数：verbose
A logical value specifying whether to show progress information while running.  
一个逻辑值，指定是否在运行时显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

apartSnpSelection selects SNPs randomly with the condition that they are at least as far apart as min.dist in basepairs.  The starting set of SNPs can be specified with init.sel.
apartSnpSelection随机选择的条件，至少相距甚远，他们是作为min.dist在碱基的SNPs。可以指定用init.sel的SNPs集。


值----------Value----------

A logical vector indicating which SNPs were selected.
逻辑向量表示SNPs被选中。


作者（S）----------Author(s)----------


Xiuwen Zheng




举例----------Examples----------


library(GWASdata)
data(affy_snp_annot)
pool <- affy_snp_annot$chromosome < 23
rsnp <- apartSnpSelection(affy_snp_annot$chromosome, affy_snp_annot$position,
                          min.dist=15000, init.sel=pool)

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