plot-methods(GSRI)
plot-methods()所属R语言包：GSRI
Visualize GSRI results
GSRI结果可视化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plot the empirical cumulative density along with the estimated degree of regulation of the p-value distribution for a gene set.
随着调控的一个基因组的p值分布估计的程度，绘制经验的累积密度。
用法----------Usage----------
plot(x, y, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
An object of class Gsri containing the results to plot.
一个类的对象Gsri包含结果绘制。
参数：y
A single integer or character string specifying the results of which gene set to plot. This has to be given if x contains the results of several gene sets. An integer is interpreted as the index of the gene set (i.e. the row number), while a character is matched against the names of the gene sets.
一个整数或字符串指定的结果，其中基因组绘制。这是要如果x包含几个基因组的结果。整数被解释为基因组的指数（即行数），而对基因组的名称匹配一个字符。
参数：...
Optional arguments used in order to customize the plot. See the "details" section.
可选参数，以定制的图。看到“细节”部分。
Details
详情----------Details----------
Plotting the p-value distribution and the estimation of the regularized compontent for a gene set allows to insepct the results in detail. The plot illustrates the empirical cumulative density function of the p-values obtained from testing for a differential effect between the groups. Additionally, the fit of the uniformly distributed component along with the estimated fraction of regularized genes and the GSRI is shown.
绘制p值分布和估计的一个基因组的正规化compontent，允许insepct详细结果。图说明p值从测试组与组之间的差效果获得的经验累积密度函数。此外，沿与正规化基因和GSRI的估计分数合适的均匀分布的组件。
The plot method uses a special system in order to customize the graphical elements of the figure. It allows to refer to the different components with the name of the additional input argument; its value is a list containing named graphical parameters for the underlying plot function. The following list describes the possible names and their contribution.
plot方法使用一个特殊的系统，以自定义图形元素的身影。它允许额外的输入参数的名称，以不同的组件，它的值是一个列表，其中包含命名的图形参数为基础的绘图功能。以下列表描述了可能的名字和他们的贡献。
plot Arguments for the axis and the labeling, passed to the
plot轴和标签的参数，传递给
fit Arguments for the fit of the linear component of the ECDF, corresponding to the part without differential effect,
fit参数适合厄立特里亚社区发展基金的线性部分，相应的效果不差，
ecdf Arguments for the ECDF of the p-values, passed to the
ecdfp值厄立特里亚社区发展基金的参数，传递给
reg Arguments for the horizontal line indicating the fraction
reg参数水平表示分数线
regText Arguments for the text label of reg, passed to
regText的为reg的文本标签参数，传递给
gsri Arguments for the horizontal line indicating the
gsri参数水平指示线
gsriText Arguments for the text label of gsri, passed to
gsriText的为gsri的文本标签参数，传递给
Thus, changing for example the limit of the y-axis, the plot type and color of the ECDF, and the label of the x-axis, you can use:
因此，改变y轴，图类型和厄立特里亚社区发展基金的色彩，与x轴的标签的限制，例如，你可以使用：
plot(x, plot=list(ylim=c(0, 0.8), xlab=expression(p)), ecdf=list(type="s", col="darkgreen"))
plot(x, plot=list(ylim=c(0, 0.8), xlab=expression(p)), ecdf=list(type="s", col="darkgreen"))
For more details, please see the "examples" section.
有关详细信息，请参阅“例子”一节。
作者（S）----------Author(s)----------
Julian Gehring
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参见----------See Also----------
Package: GSRI-package
包装：GSRI-package
Class: Gsri
类别：Gsri
Methods: gsri getGsri getCdf getParms export sortGsri plot show summary readCls readGct
方法：gsrigetGsrigetCdfgetParmsexportsortGsriplotshowsummary<X >readCls
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
plot(x)
plot(x, plot=list(main="Example plot"), ecdf=list(pch=21),
fit=list(lty=2, lwd=0.5, col="black"), gsri=list(col="lightblue"))
plot(x2, 2)
plot(x2, "gs2")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 21:19:19
