Gsri-class(GSRI)
Gsri-class()所属R语言包：GSRI
Class Gsri
类Gsri
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Objects of the class Gsri contain the results of the GSRI analysis.
类的对象Gsri包含的GSRI分析的结果。
类的对象----------Objects from the class----------
Objects of class Gsri are returned by the gsri methods.
类对象Gsrigsri方法返回。
插槽----------Slots----------
result: Data frame containing the results of the GSRI estimation, with one row for each gene set and the columns:
result：数据框包含一个用于每个基因组的行和列的GSRI估计结果：
pRegGenes: Fraction of regulated genes in the gene set
pRegGenes：调节基因在基因组中的一小部分
pRegGenesSd: Standard deviation of pRegGenes obtained
pRegGenesSd：标准偏差pRegGenes获得
nRegGenes: Total number of regulated genes in the gene
nRegGenes：在基因调控基因总数
GSRI('alpha'%): Gene Set Regulation Index, corresponding to
GSRI('alpha'%)：基因组调控指标，对应
nGenes: Total number of genes in the gene set.
nGenes：在基因组的基因总数。
cdf: List of data frames containing the ECDF of the p-values. Each data frame covers one gene set, with the columns:
cdf：数据框包含p值厄立特里亚社区发展基金的名单。每个数据框包括一个基因组，同列：
pval: P-values obtained from the test function.
pval：test函数得到的P值。
cdf: Empirical cumulative density.
cdf：经验累积密度。
parms: List containing the parameter values used in the analysis, with the elements:
parms：名单包含在分析中使用的元素，参数值：
weight: Weights for each gene in the gene set
weight：重量为每个基因组的基因
nBoot: Number of bootstraps for the calculation of the GSRI
nBoot：计算GSRI白手起家
test: Statistical test function
的test统计测试功能
alpha: Confidence level for the GSRI
alpha：对GSRI的信心水平
grenander: Application of the Grenander estimatior in the
grenander：Grenander estimatior的应用
testArgs: Optional arguments for test function
testArgs：test函数的可选参数
方法----------Methods----------
Analysis:
分析：
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="missing")
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="missing")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="missing")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="missing")
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="GeneSet")
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="GeneSet")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="GeneSet")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="GeneSet")
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="GeneSetCollection")
signature(exprs="matrix", groups="factor", geneSet="GeneSetCollection")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="GeneSetCollection")
signature(exprs="ExpressionSet", groups="factor", geneSet="GeneSetCollection")
Assess the degree of differential effect in the expression data.
评估差的影响程度在表达数据。
Visualization:
可视化：
signature(x="Gsri", y=ANY)
signature(x="Gsri", y=ANY)
Plot the empirical density of p-values and the corresponding estimated effect.
p值绘制经验密度和相应的估计效果。
Export to file:
导出到文件：
signature(object="Gsri", file="character")
signature(object="Gsri", file="character")
Get methods:
get方法：
signature(object="Gsri")
signature(object="Gsri")
signature(object="Gsri")
signature(object="Gsri")
signature(object="Gsri")
signature(object="Gsri")
Show:
显示：
signature(obejct="Gsri")
signature(obejct="Gsri")
signature(obejct="Gsri")
signature(obejct="Gsri")
作者（S）----------Author(s)----------
Julian Gehring
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参见----------See Also----------
Package: GSRI-package
包装：GSRI-package
Class: Gsri
类别：Gsri
Methods: gsri getGsri getCdf getParms export sortGsri plot show summary readCls readGct
方法：gsrigetGsrigetCdfgetParmsexportsortGsriplotshowsummary<X >readCls
举例----------Examples----------
showClass("Gsri")
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 21:18:52
