GeneSet(GSEABase)
GeneSet()所属R语言包：GSEABase
Methods to construct GeneSet instances
方法兴建GeneSet实例
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Use GeneSet to construct gene sets from ExpressionSet, character vector, or other objects.
使用GeneSet建设ExpressionSet，特征向量，或其他物体基因组。
用法----------Usage----------
GeneSet(type, ..., setIdentifier=.uniqueIdentifier())
参数----------Arguments----------
参数：type
An argument determining how the gene set will be created, as described in the Methods section.
一个确定的基因组将如何创建，在方法部分所述的论点。
参数：setIdentifier
A ScalarCharacter or length-1 character vector uniquely identifying the set.
一个ScalarCharacter或长度-1的特征向量唯一标识的设置。
参数：...
Additional arguments for gene set construction. Methods have required arguments, as outlined below; additional arguments correspond to slot names GeneSet.
基因组结构的附加参数。方法都需要参数，如下所述;额外的参数对应的插槽名称GeneSet。
方法----------Methods----------
Construct an empty gene set.
构造一个空的基因组。
Construct a gene set using identifiers type.
构建一个基因组，使用标识符type。
Construct an empty gene set. The gene set has geneIdType
构造一个空的基因组。基因组有geneIdType
Construct a gene set from an ExpressionSet. geneIdType is set to AnnotationIdentifier; the annotation field and annotation package of the ExpressionSet are consulted to determine organism, if possible. Short and long descriptions from the ExpressionSet experimentData title and abstract; pub med ids, urls, and contributor are also
构建从ExpressionSet设置一个基因。 geneIdType设置为AnnotationIdentifier注释字段和注释包ExpressionSet协商，以确定organism，如果可能的话。也说明短期和术语的从ExpressionSetexperimentData标题和抽象;酒馆地中海IDS，网址，和贡献者
Use genes contained in type to create a GeneSet . The required arugment geneIdType must include a package for which an appropriate map (to GO) exists, e.g., EntrezIdentifier('org.Hs.eg.db').
使用包含在type创建一个GeneSet 的基因。所需arugmentgeneIdType必须包括适当的图（GO）存在一个包，例如，EntrezIdentifier('org.Hs.eg.db')。
Read XML following the Broad Institute schema and located at urls to create a gene set. The url can be a local file or internet connection, but must contain just a single gene set. See
Broad研究所模式和读取XML位于urls创建一个基因组。 URL可以是本地文件或互联网连接，但必须包含只是一个单一的基因组。见
参见----------See Also----------
GeneSet-class GeneColorSet-class
GeneSet-classGeneColorSet-class
举例----------Examples----------
## Empty gene set[＃空的基因组]
GeneSet()
## Gene set from ExpressionSet[＃ExpressionSet基因组]
data(sample.ExpressionSet)
gs1 <- GeneSet(sample.ExpressionSet[100:109])
## GeneSet from Broad XML; 'fl' could be a url[从广泛的XML＃GeneSet;FL可能是一个网址]
fl <- system.file("extdata", "Broad.xml", package="GSEABase")
gs2 <- getBroadSets(fl)[[1]] # actually, a list of two gene sets[实际上，这两个基因的集列表]
## GeneSet from list of gene identifiers[＃GeneSet基因标识列表]
geneIds <- geneIds(gs2) # any character vector would do[会做任何特征向量]
gs3 <- GeneSet(geneIds)
## unspecified set type, so...[＃未指定设置的类型，所以...]
is(geneIdType(gs3), "NullIdentifier") == TRUE
## update set type to match encoding of identifiers[＃更新设置的类型相匹配的标识符的编码]
geneIdType(gs2)
geneIdType(gs3) <- SymbolIdentifier()
## other ways of accomplishing the same[＃其他方式完成相同]
gs4 <- GeneSet(geneIds, geneIdType=SymbolIdentifier())
gs5 <- GeneSet(SymbolIdentifier(), geneIds=geneIds)
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发表于 2012-2-25 21:16:45
