R语言 GSEABase包 GeneIdentifierType-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GeneIdentifierType-class(GSEABase)
GeneIdentifierType-class()所属R语言包：GSEABase

                                        Class "GeneIdentifierType"
                                         类“GeneIdentifierType”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class provides a way to tag the meaning of gene symbols in a GeneSet. For instance, a GeneSet with gene names derived from a Bioconductor annotation package (e.g., via ExpressionSet) initially have a GeneIdentifierType of AnnotationIdentifier.
这个类提供了一个办法标记GeneSet的基因符号的含义。例如，一个基因的名字GeneSet与派生从的Bioconductorannotation包（例如，通过ExpressionSet）初步具备GeneIdentifierTypeAnnotationIdentifier的。


类的对象----------Objects from the Class----------

The following classes are available, and derive from tables in  "annotation" packages
下面的类是可用的，从表中派生的“注释”包




NullIdentifier No formal information about what gene identifiers represent.
NullIdentifier没有什么基因标识代表的正式信息。




AnnotationIdentifier Gene identifiers are Affymetrix chip-specific probe identifier, as represented in Bioconductor
AnnotationIdentifier基因标识是Affymetrix公司的芯片特异性探针标识符，作为Bioconductor代表




EntrezIdentifier "Entrez" identifiers.
EntrezIdentifier“Entrez的”标识符。




EnzymeIdentifier "EC" identifiers.
EnzymeIdentifier“欧共体”标识。




ENSEMBLIdentifier "ENSEMBL" identifiers.
ENSEMBLIdentifier“ENSEMBL的标识符。




GenenameIdentifier Curated and ad hoc descriptive gene names.
GenenameIdentifier策划和专案描述基因的名称。




RefseqIdentifier "Prosite" identifiers.
RefseqIdentifierPROSITE“标识。




SymbolIdentifier "Symbol" identifiers.
SymbolIdentifier“符号”的标识。




UnigeneIdentifier "Unigene" identifiers.
UnigeneIdentifier“Unigene的”标识符。




GeneIdentifierType A virtual Class: No objects may be created from it; all classes listed above are subclasses of
GeneIdentifierType一个虚拟类：没有对象可以从它创建，上面列出的所有类的子类


插槽----------Slots----------

All GeneIdentifierType classes have the following slots:
所有的GeneIdentifierType类有以下插槽：




type Object of class "ScalarCharacter" containing the character string representation of this
类Object类型"ScalarCharacter"包含此字符串表示




annotation Object of class "ScalarCharacter" containing the name of the annotation package from which the
注释对象类"ScalarCharacter"含有注解包的名称，从


方法----------Methods----------

GeneIdentifierType classes are used in:
GeneIdentifierType类中使用：




GeneSet signature(type = "GeneIdentifierType"): Create a new GeneSet using identifiers of
GeneSetsignature(type = "GeneIdentifierType")：创建一个新的GeneSet使用标识符




GeneColorSet signature(type = "GeneIdentifierType"): Create a new GeneColorSet using identifiers of
GeneColorSetsignature(type = "GeneIdentifierType")：创建一个新的GeneColorSet使用标识符




annotation signature(object = "GeneIdentifierType"):
注释signature(object = "GeneIdentifierType")：




annotation<- signature(object = "GeneIdentifierType", value = "character"):
注释< - signature(object = "GeneIdentifierType", value = "character")：




geneIdType signature(object = "GeneIdentifierType"): return a character string representation of the type of this
geneIdTypesignature(object = "GeneIdentifierType")：返回一个这种类型的字符串表示




geneIdType<- signature(object = "GeneSet", verbose=FALSE, value = "GeneIdentifierType"): Changes the GeneIdentifierType of object to value, attempting to convert symbols in the process. This method calls mapIdentifiers(what=object,
geneIdType < - signature(object = "GeneSet", verbose=FALSE, value = "GeneIdentifierType")：改变GeneIdentifierType的objectvalue，试图转换过程中的符号。此方法调用的<code> mapIdentifiers（什么=对象，




mapIdentifiers See mapIdentifiers.
mapIdentifiers见mapIdentifiers。




show signature(object = "GeneIdentifierType"): display
显示signature(object = "GeneIdentifierType")：显示


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan &lt;mtmorgan@fhcrc.org&gt;



参见----------See Also----------

The example below lists GeneIdentifierType classes defined in this package; See the help pages of these classes for specific information.
下面列出的例子GeneIdentifierType在这个包中定义的类，这些类的特定信息，请参阅帮助页面。


举例----------Examples----------


names(getClass("GeneIdentifierType")@subclasses)

# create an AnnotationIdentifier, and ask it's type[创建一个AnnotationIdentifier，并要求它的类型]
geneIdType(AnnotationIdentifier(annotation="hgu95av2"))

# Construct a GeneSet from an ExpressionSet, using the 'annotation'[构建一个从ExpressionSet GeneSet，使用“批注”]
# field of ExpressionSet to recognize the genes as AnnotationType[领域，承认作为AnnotationType的基因的ExpressionSet]
data(sample.ExpressionSet)
gs <- GeneSet(sample.ExpressionSet[100:109],
              setName="sample.GeneSet", setIdentifier="123")
geneIdType(gs) # AnnotationIdentifier[AnnotationIdentifier]

## Read a Broad set from the system (or a url), and discover their[＃阅读从一系列广泛的系统（或URL），并发现其]
## GeneIdentifierType[＃GeneIdentifierType]
fl <- system.file("extdata", "Broad.xml", package="GSEABase")
bsets <- getBroadSets(fl)
sapply(bsets, geneIdType)

## try to combine gene sets with different set types[＃试图结合基因组不同类型的套]
try(gs &amp; sets[[1]])

## Not run: [＃无法运行：]
## Use the annotation package associated with the original[＃使用注释与原包]
## ExpressionSet to map to EntrezIdentifier() ...[＃ExpressionSet映射对EntrezIdentifier（）...]
geneIdType(gs) <- EntrezIdentifier()
## ...and try again[＃...并再次尝试]
gs &amp; bsets[[1]]

## Another way to change annotation to Entrez (or other) ids[＃另一种方式改变Entrez的（或其他）IDS的注解]
probeIds <- featureNames(sample.ExpressionSet)[100:109]
geneIds <- getEG(probeIds, "hgu95av2")
GeneSet(EntrezIdentifier(),
        setName="sample.GeneSet2", setIdentifier="101",
        geneIds=geneIds)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

## Create a new identifier[＃创建一个新的标识。]
setClass("FooIdentifier",
         contains="GeneIdentifierType",
         prototype=prototype(
           type=new("ScalarCharacter", "Foo")))
## Create a constructor (optional)[＃创建一个构造器（可选）]
FooIdentifier <- function() new("FooIdentifier")
geneIdType(FooIdentifier())

## tidy up[＃清理]
removeClass("FooIdentifier")

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