ReplicatesNet_gauss(GRENITS)
ReplicatesNet_gauss()所属R语言包：GRENITS
Dynamic Bayesian Network Inference Using Linear Interactions and Gaussian Experimental Noise
使用非线性相互作用和高斯实验噪音的动态贝叶斯网络推理
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Run Bayesian inference of linear interaction network on data with replicates. The replicates are assumed to follow a Gaussian distribution. The function generates MCMC chains that can later be analysed.
贝叶斯推理与复制的数据的非线性相互作用网络的运行。复制是假设遵循高斯分布。函数生成的MCMC链，可以在以后进行分析。
用法----------Usage----------
ReplicatesNet_gauss( resultsFolder, timeSeries, numReps,
ParamVec = NULL, chains = 2, user.seeds = NULL,
Regulators = NULL, fixMe = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：resultsFolder
Name of output folder. The folder will be created and the output of the run will be placed there.
输出文件夹的名称。该文件夹将创建和运行的输出将被放置在那里。
参数：timeSeries
Data matrix containing gene expression time series. Where genes will be placed in rows and time points in columns. Each times series must be placed one after another, so that the first n columns correspond to time series replicate one, the next n columns to time series replicate two, etc. Gene names may be included as row names.
含有基因表达的时间序列数据矩阵。基因将被放置行和列的时间点。每次必须放在一系列此起彼伏，使第n列对应时间序列复制一个，接下来的n列的时间系列复制两个等基因的名称可能会被列为行名称。
参数：numReps
Number of replicate time series included in timeSeries matrix.
复制的时间，在时间序列矩阵系列包括数目。
参数：ParamVec
A parameter vector created using "mcmc.defaultParams_gauss". If none is given, default parameters will be used. The vector contains parameters associated to the priors as well as MCMC run length. (See mcmc.defaultParams_gauss)
创建一个参数向量使用“mcmc.defaultParams_gauss”。如果没有给出，默认参数将被使用。矢量包含相关的先验以及MCMC稳态运行长度的参数。 （见mcmc.defaultParams_gauss）
参数：chains
Number of MCMC chains to run.
MCMC方法链运行的数量。
参数：user.seeds
An optional vector with seeds to use for MCMC chains.
一个可选的向量，与种子使用的MCMC链。
参数：Regulators
An optional vector with the indices of which genes are regulators. If provided, all non-regulator genes will not be allowed to regulate.
哪些基因是监管与指数的一个可选的向量。如果提供的话，将不会被允许所有非调节基因的调节。
参数：fixMe
An optional matrix of size genes x genes, where columns represent regulators and rows regulated genes. The matrix informs the model of network connections known to be present/absent. For each position use either 0 (no regulation, fix off), 1 (known regulatory interaction, fix on) or NaN (no information, do not fix).
可选的大小基因矩阵X基因，列代表监管和调控的基因行。矩阵通知已知出席/缺席的网络连接模式。每个位置使用的是0（没有监管，解决关闭），1（已知的监管互动，修复）或NaN（没有信息，不固定）。
Details
详情----------Details----------
The order in which the replicates are placed do not affect the output. In other words swapping timepoint 2 replicate 1 and timepoint 2 replicate 2 makes no difference. For the cases where a measurement is not available, an NaN may be used.
在复制的顺序放置，不影响输出。换句话说，交换时间点2重复1和2时间点复制2没有什么区别。测量是没有的情况下，安南也可使用。
值----------Value----------
For each chain run, a folder (chain1, chain2, ...) will be created and the output of the MCMC run will be placed there. The files will be B_mcmc (the coeffcients of the linear regression), Gamma_mcmc (the indicator variables of Gibbs variable selection), Lambda_mcmc (the precision of each regression), Mu_mcmc (the intercept of each regression), Rho_mcmc (the network connectivity parameter), DataMean_standarised (a times series with the mean of the replicates), Lambda_exp_mcmc (the precision of the replicate noise) and Y_mean (the mean posterior value of the inferred "true mRNA").
对于每一个链的运行，一个文件夹（chain1 1，chain2，...）将创建和输出的MCMC运行将放在那里。该文件将被B_mcmc（线性回归系数的），Gamma_mcmc（吉布斯变量选择的指标变量），Lambda_mcmc（每个回归的精度），Mu_mcmc（每个回归截距），Rho_mcmc（网络连接参数） DataMean_standarised（与时间序列的重复的平均值），Lambda_exp_mcmc（复制噪音的精度）和Y_mean（推断“真实表达”后的平均价值）。
参考文献----------References----------
networks using time course data with repeated measurements. Bioinformatics 2010; doi: 10.1093/bioinformatics/btq421
参见----------See Also----------
mcmc.defaultParams_gauss, analyse.output.
mcmc.defaultParams_gauss，analyse.output。
举例----------Examples----------
# Synthetic data[综合数据]
data(Athaliana_ODE_4NoiseReps)
# Folder where raw runs will be kept and later analysed[原料运行文件夹将被保留，后来分析]
output.folder <- paste(tempdir(), "/Example_ReplicatesNet_Gauss",sep="")
# Run network inference and place raw results in output.folder[运行网络推理，并放置在原始结果output.folder]
ReplicatesNet_gauss(output.folder, Athaliana_ODE_4NoiseReps, numReps = 4)
# Analyse raw results, place analysis plots and files in output.folder[分析原料的结果，地方分析图和文件，在output.folder]
analyse.output(output.folder)
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发表于 2012-2-25 21:15:22
