R语言 graphite包 runDEGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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runDEGraph(graphite)
runDEGraph()所属R语言包：graphite

                                         Run topological analysis on expression dataset using DEGraph package. See <a href="../../DEGraph/html/testOneGraph.html">testOneGraph</a>.
                                         上运行的表达DEGraph包集拓扑分析。请参阅<a href="../../DEGraph/html/testOneGraph.html"> testOneGraph </ A>。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

DEGraph implements recent hypothesis testing methods which directly assess whether a particular gene network is differentially expressed between two conditions. See testOneGraph for more details.
DEGraph实现近期的假设检验方法直接评估是否一个特定的基因网络的两个条件之间的差异表达。看到testOneGraph更多细节。


用法----------Usage----------


runDEGraph(pathway, expr, classes)



参数----------Arguments----------

参数：pathway
One of the pathways contained in biocarta, kegg,nci or reactome.  
所载，在biocarta KEGG，NCI或reactome的的途径之一。


参数：expr
A matrix (size: number p of genes x number n of samples) of gene expression.  
一个matrix（尺寸：数量p基因Xn样品数量）的基因表达。


参数：classes
A vector (length: n) of class assignments.  
一个vector（长度：n）课堂作业。


Details

详情----------Details----------

The expression data and the pathway have to be annotated in the same set of identifiers.
表达数据和途径，必须注明在同一组的标识符。


参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


if (require(DEGraph)) {
  data("Loi2008_DEGraphVignette")

  p <- convertIdentifiers(biocarta[["actions of nitric oxide in the heart"]], "entrez")
  runDEGraph(p, exprLoi2008, classLoi2008)
}

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