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R语言 GraphAlignment包 ComputeM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 20:59:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
ComputeM(GraphAlignment)
ComputeM()所属R语言包:GraphAlignment

                                        Compute score matrix M
                                         计算得分矩阵M

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute the score matrix M.
计算得分矩阵M


用法----------Usage----------


ComputeM(A, B, R, P, linkScore, selfLinkScore, nodeScore1,
  nodeScore0, lookupLink, lookupNode, clamp=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数:A
adjacency matrix for network A
邻接矩阵为网络A


参数:B
adjacency matrix for network B
网络B的邻接矩阵


参数:R
node similarity matrix
节点相似矩阵


参数:P
permutation vector to be used as the initial alignment (see InitialAlignment)
置换向量被用来作为初始对准(见InitialAlignment)


参数:linkScore
link score matrix (see ComputeLinkParameters)
链接得分矩阵(见ComputeLinkParameters)


参数:selfLinkScore
self link score matrix (see ComputeLinkParameters)
自链接得分矩阵(见ComputeLinkParameters)


参数:nodeScore1
node score vector (s1) (see ComputeNodeParameters)
节点的得分矢量(S1)(见ComputeNodeParameters)


参数:nodeScore0
node score vector for unaligned nodes (s0) (see ComputeNodeParameters)
未对齐节点的节点得分向量(S0)(见ComputeNodeParameters)


参数:lookupLink
link bin lookup table (see GetBinNumber)
链接斌查找表(见GetBinNumber)


参数:lookupNode
node bin lookup table (see GetBinNumber)
节点槽查找表(见GetBinNumber)


参数:clamp
clamp values to range when performing bin lookups
钳位值范围时执行的bin查找


Details

详情----------Details----------

This function computes the score Matrix M from the network adjacency  matrices A and B, the node similarity matrix R, an alignment P (given as a  permutation vector) and the node and link scores with their associated  binning information. The alignment P is either generated by the previous  iterative step, or, initially, by using InitialAlignment. The matrix M  is then given to the linear assignment solver to compute the new alignment.
此函数计算从网络邻接矩阵的得分矩阵M A和B,节点相似矩阵R,对齐P(下作为排列向量给出)和与他们相关的分级信息的节点和链路的分数。要么产生对齐P是由先前的迭代步骤,或者,最初使用InitialAlignment。矩阵M,然后给线性分配求解器计算新的路线。


值----------Value----------

The return value is the score matrix M.
返回值是得分矩阵M


作者(S)----------Author(s)----------


Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg



举例----------Examples----------


  ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
    symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
  
  pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")
  
  lookupLink<-seq(-2,2,.5)
  linkParams<-ComputeLinkParameters(ex$a, ex$b, pinitial, lookupLink)
  
  lookupNode<-c(-.5,.5,1.5)
  nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r,
    pinitial, lookupNode)
  
  ComputeM(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=pinitial,
    linkScore=linkParams$ls,
    selfLinkScore=linkParams$ls,
    nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0,
    lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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