R语言 GOstats包 GOstats-defunct()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GOstats-defunct(GOstats)
GOstats-defunct()所属R语言包：GOstats

                                        Defunct Functions in GOstats Package
                                         在GoStats上包倒闭功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The functions or variables listed here are no longer part of GOstats as they are not needed (any more).
这里列出的功能，或变量的一部分，因为他们并不需要任何的GoStats上没有。


用法----------Usage----------


combGOGraph(g1, g2)
hyperGtable(probids, lib, type="MF", pvalue=0.05,
                        min.count=10, save = FALSE, output = TRUE,
                        filename = NULL, universe = NULL)
hyperG2Affy(probids, lib, type="MF", pvalue=0.05,
                         min.count=10, universe = NULL)




参数----------Arguments----------

参数：g1
A graph
一个图


参数：g2
A graph
一个图


参数：probids
A vector of Affymetrix probe IDs
Affymetrix公司的探针ID向量


参数：lib
An annotation package (e.g., hgu95av2.db)
一个注解包（例如，hgu95av2.db）


参数：type
One of "MF", "CC", "BP", indicating molecular function, cellular component, or biological process, respectively.
“MF”，“抄送”，“BP”，表明分子功能，单元成分，或生物过程之一。


参数：pvalue
The significance level used to choose GO terms
用于选择GO术语的显着性水平


参数：min.count
The minimum number of a given GO term that must be on the chip in order to choose that GO term. This protects against very low p-values that result from the situation where there are very few genes with a given GO term on the chip, but one or two are found in the set of significant genes.
在一个给定的GO术语的最低人数，必须是为了在芯片上，选择好术语。这防止很低的p值，结果有极少数的基因与芯片上的GO术语，但一个或两个的重大基因组中发现的情况。


参数：universe
A character vector of unique Entrez Gene identifiers or NULL.  This is the population (the urn) of the Hypergeometric test.  When NULL (default), the population is all Entrez Gene ids in the annotation package that have a GO term annotation in the specified GO category (see GOHyperG for more details).
一个独特的Entrez基因标识或NULL特征向量。这是一个人口超几何测试（瓮）。当NULL（默认），人口中的所有批注包Entrez基因IDS有一个GO在指定的GO类别的术语注释（见GOHyperG更多详情）。


参数：save
Boolean - Set to TRUE to save the resulting data.frame.
布尔 - 设置保存生成的TRUEdata.frame。


参数：output
Boolean - Set to TRUE to output the resulting data.frame as a text file.
布尔 - 设置为TRUE输出结果data.frame作为一个文本文件。


参数：filename
If output is set to TRUE, give the file name for the output file.
如果输出设置TRUE，给输出文件的文件名。


Details

详情----------Details----------

combGOGraph was replaced by join. hyperGtable was replaced by summary. hyperG2Affy was replaced by probeSetSummary.
combGOGraphjoin被替换。 hyperGtablesummary被替换。 hyperG2AffyprobeSetSummary被替换。

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