plotPWF(goseq)
plotPWF()所属R语言包：goseq
Plot the Probability Weighting Function
画出概率权重函数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plots the Probability Weighting Function created by nullp by binning together genes.
图nullp创建分级在一起基因的概率权重函数。
用法----------Usage----------
plotPWF(pwf,binsize="auto",pwf_col=3,pwf_lwd=2,xlab="Biased Data in <binsize> gene bins.",ylab="Proportion DE",...)
参数----------Arguments----------
参数：pwf
A data frame with 3 columns named DEgenes, bias.data & pwf and row names giving the gene names. Usually generated by nullp.
一个名为DEgenes 3列，bias.data PWF和行名给予基因名称的数据框。一般生成nullp。
参数：binsize
Calculate and plot the fraction of genes that are DE in bins of this size. If set to "auto" the best binsize for visualization is attempted to be found automatically.
计算并绘制在这种规模的箱DE基因的一小部分。如果设置为“自动”，是企图为可视化的最佳binsize自动被发现。
参数：pwf_col
The colour of the probability weighting function
概率加权函数的颜色
参数：pwf_lwd
The width of the probability weighting function
概率加权函数的宽度
参数：xlab
The x-axis label. <binsize> is replaced by the binsize used.
x轴的标签。 <binsize>使用binsize被替换。
参数：ylab
The y-axis label.
y轴的标签。
参数：...
Extra arguments that are passed to plot.
额外的参数传递到图。
Details
详情----------Details----------
This function is almost always called using the output from the nullp function. However, it can be used to visualize the length (or any other type of quantifyable) bias in ability to detect DE in a data set. The pwf arguement needs to be a data frame with 3 columns each containing numeric entries (although NAs are permitted in the bias.data and pwf columns), which must be named "DEgenes", "bias.data" and "pwf", although they can appear in any order. The row names are taken to be the gene names. The DEgenes column should be 0s or 1s where 1 represents a DE gene, 0 a gene which is not DE. The bias.data column is a quantification of the quantity for which there is a bias in detecting DE for the associated gene, this is usually gene length or the number of counts associated with a gene. Finally, the pwf column gives the probability weighting to be applied for a given gene.
此功能几乎总是调用使用nullp函数的输出。然而，它可以用于可视化能力检测数据集的长度（或任何其他类型的quantifyable）偏见。 pwfarguement需要与3每一列包含数字输入的数据框（虽然定居在bias.data和PWF列允许），它必须被命名为“DEgenes”，“bias.data”和“法定公益金”，虽然他们可以以任何顺序出现。采取的行名是基因名称。在DEgenes列应该是0或1，其中1代表一个DE基因，一个基因，不是去。 bias.data列是一个量化的数量，其中有一个相关基因检测的偏见，这通常是基因的长度或与基因相关的计数。最后，PWF列给出的概率加权，可应用于一个特定基因。
值----------Value----------
Nothing is returned.
没有返回。
作者（S）----------Author(s)----------
Matthew D. Young <a href="mailto:myoung@wehi.edu.au">myoung@wehi.edu.au</a>
参考文献----------References----------
Genome Biology Date: Feb 2010 Vol: 11 Issue: 2 Pages: R14
参见----------See Also----------
nullp
nullp
举例----------Examples----------
data(genes)
pwf <- nullp(genes, 'hg19', 'ensGene',plot.fit=FALSE)
plotPWF(pwf,binsize=200)
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发表于 2012-2-25 20:53:52
