R语言 GOSemSim包 goSim()函数中文帮助文档(中英文对照)

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goSim(GOSemSim)
goSim()所属R语言包：GOSemSim

                                        Semantic Similarity Between Two GO Terms
                                         两个GO术语之间的语义相似性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given two GO IDs, this function calculates their semantic similarity.
鉴于两个GO的ID，这个函数计算它们的语义相似。


用法----------Usage----------


goSim(GOID1, GOID2, ont = "MF", organism="human", measure="Wang")



参数----------Arguments----------

参数：GOID1
GO ID 1.
好ID为1。


参数：GOID2
GO ID 2.
好ID为2。


参数：ont
One of "MF", "BP", and "CC" subontologies.
“MF”，“BP”，“消委会”subontologies的之一。


参数：organism
One of "anopheles", "arabidopsis", "bovine", "canine", "chicken", "chimp", "coelicolor", "ecolik12", "ecsakai", "fly", "human", "malaria", "mouse", "pig", "rat", "rhesus", "worm", "xenopus", "yeast" and "zebrafish".
“按蚊”，“拟南芥”，“牛”，“犬”，“鸡”，“黑猩猩”，“霉菌”，“ecolik12”，“ecsakai”，“飞” ，“人”，“疟疾”，“老鼠”，“猪”，“鼠”，“猴”，“蠕虫”，“爪”，“酵母”和“斑马鱼” ;


参数：measure
One of "Resnik", "Lin", "Rel", "Jiang" and "Wang" methods.
“雷斯尼克”，“林”，“相对”，“江”和“王”的方法。


值----------Value----------


参数：goSim
Semantic similarity.
语义相似性。


参考文献----------References----------

A new method to measure the semantic similarity of go terms Bioinformatics (Oxford, England), 23:0 1274–81, May  2007. ISSN 1460-2059 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17344234 PMID: 17344234
Semantic similarity measures as tools for exploring the gene ontology Pacific Symposium on Biocomputing Pacific Symposium on Biocomputing, 2003:601-12, ISSN 1793-5091 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12603061 PMID: 12603061

参见----------See Also----------

mgoSim geneSim mgeneSim clusterSim mclusterSim       
mgoSimgeneSimmgeneSimclusterSimmclusterSim


举例----------Examples----------


        goSim("GO:0043121", "GO:0019838", measure="Wang")
        goSim("GO:0043121", "GO:0019838", ont="MF", organism="human", measure="Wang")

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