R语言 goProfiles包 ngenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ngenes(goProfiles)
ngenes()所属R语言包：goProfiles

                                        Returns the number of genes that lead to this GO profile (an object of
                                         返回的基因数量，导致这个好个人资料（对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The information contained in one or more lists of genes may be summarized by their GO profiles, that is to say, the absolute or relative  frequencies of annotations or hits in all  the classes or nodes of a given leven in a given GO ontology, or by the  corresponding frequencies in a selected set of nodes (possibly belonging to more than one GO level but not hierarchicaly related). This function returns the number of genes in each list that were annotated to compute the profiles
在一个或多个基因的列表中所包含的信息可通过总结他们的好配置，也就是说，在所有类或一个给定的利文的节点，在一个给定的GO本体的绝对或相对的注解或点击频率，或在选定的一组节点（可能属于一个以上的好水平，但不hierarchicaly有关）相应的频率。这个函数返回的基因数量在每个列表，注明计算型材


用法----------Usage----------


ngenes(pn, i=NULL)
## Default S3 method:[默认方法]
ngenes(pn, i=NULL)
## S3 method for class 'numeric'
ngenes(pn, i=NULL)
## S3 method for class 'matrix'
ngenes(pn, i=NULL)
## S3 method for class 'ExpandedGOProfile'
ngenes(pn, i=NULL)
## S3 method for class 'BasicGOProfile'
ngenes(pn, i=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：pn
an object of class ExpandedGOProfile or BasicGOProfile representing  one or more "sample" expanded GO profiles for a fixed ontology, or a numeric  vector interpretable as a GO profile (expanded or not), or a frequency matrix (see the 'Details' section)
一个类ExpandedGOProfile或BasicGOProfile对象代表一个或多个“样本”扩大去一个固定的本体，或解释作为一个好个人资料（或扩大），或频率矩阵数字矢量型材（见“详细资料”部分）


参数：i
i-th profile in the case of more than one profiles. A vector with the number of genes of all profiles is returned if this argument is absent
在多个配置文件的情况下，第i个人资料。如果这种说法是不存在，则返回所有型材的基因数量的向量


Details

详情----------Details----------

Given a list of n genes, and a set of s GO nodes X, Y, Z, ... in a given ontology (BP, MF or CC), its  associated (contracted) "basic profile" is the frequencies vector (either absolute or relative frequencies) of annotations or hits of the n genes in each node. For a given node, say X, this frequency includes all annotations for X alone, for X and Y, for X and Z and so on. Thus, as relative frequencies, its sum is not necessarily one, or as absolute frequencies their sum is not necessarily n. On the other hand, an "expanded profile" corresponds to the frequencies in ALL OBSERVED NODE COMBINATIONS. That is, if n genes have been profiled, the expanded profile stands for the frequency of all hits EXCLUSIVELY in nodes X, Y, Z, ..., jointly with all hits simultaneously in nodes X and Y (and only in X and Y), simultaneously in X and Z, in Y and Z, ... , in X and Y and Z (and only in X,Y,Z), and so on. Thus, their sum is one.
给定一个N基因的列表，和一组s的节点X，Y，Z轴，...在一个给定的本体（BP，MF或CC），及其相关的（合同）“的基本轮廓”是在每个节点上的N基因的注解或命中（绝对或相对频率）的频率向量。对于一个给定节点，说X，这个频率包括所有注释为X，X和Y单，X和Z等。因此，相对频率，其总和未必，或它们的总和，为绝对频率不一定是n个。另一方面，“扩大个人”对应的频率在所有观察节点组合。也就是说，如果n基因已被异形，扩大轮廓代表所有点击的频率只在节点X，Y，Z轴，...，共同所有命中同时节点X和Y（仅在X和Y ），同时在X和Z，Y和Z，...在X和Y和Z（只有在X，Y，Z轴），等等。因此，他们的总和就是其中之一。

An object of S3 class 'ExpandedGOProfile' is, essentially, a 'data.frame' object with each column representing an expanded profile. The row.names attribute codifies the node combinations and each data.frame column (say, each profile) has an attribute, 'ngenes', indicating the number of profiled genes.
S3类的ExpandedGOProfile“的对象，基本上是一个”数据框“对象的每一列代表一个扩大的姿态。 row.names属性编纂节点组合和每个数据框列（例如，每个配置文件）属性，ngenes“，说明了异形的基因数量。


值----------Value----------

A vector with the number of genes annotated in one or more GO profiles
在一个或多个好型材的数量与基因注解的向量


作者（S）----------Author(s)----------


Jordi Ocana



参见----------See Also----------

BasicGOProfile object, ExpandedGOProfile object
BasicGOProfile对象，ExpandedGOProfile对象


举例----------Examples----------


require("org.Hs.eg.db")
data(prostateIds)        # "singh01EntrezIDs", "singh05EntrezIDs", "welsh01EntrezIDs", "welsh05EntrezIDs"[的“singh01EntrezIDs”，“singh05EntrezIDs”，“welsh01EntrezIDs”，“welsh05EntrezIDs”]
# To improve speed, use only the first 100 genes:[为了提高速度，只用前100个基因：]
list1 <- welsh01EntrezIDs[1:100]
prof1 <- expandedProfile(list1, onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db", na.rm=TRUE)$MF
length(list1)
# Only a subset of the initial gene list are annotated in the profile[只是一个初步的基因列表的子集配置文件中的注释]
ngenes(prof1)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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