R语言 goProfiles包 expandedProfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

expandedProfile(goProfiles)
expandedProfile()所属R语言包：goProfiles

                                        Builds expanded profiles
                                         建立扩大概况

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Expanded profiles are used mainly for comparison of profiles based on the theory developed by Sanchez et al (2007) (see references)
扩大型材主要用于型材相比，桑切斯等人（2007）开发的理论的基础上（见参考文献）


用法----------Usage----------


expandedProfile(genelist, idType = "Entrez", onto = "ANY", level = 2,orgPackage=NULL, anotPackage=NULL,
        multilevels = NULL, ord = TRUE, na.rm = TRUE, percentage = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genelist
List of genes on which the Profile has to be based
基因名单上有根据的资料


参数：idType
Type of identifiers for the genes. Use 'Entrez' preferably
基因标识的类型。使用“Entrez的”最好


参数：onto
Ontology on which the profile has to be built
本体论上的配置文件有兴建


参数：level
Level of the ontology at which the profile has to be built
在配置文件建立本体的水平


参数：orgPackage
Name of a Bioconductor's organism annotations package ('org.Xx-eg-db'). This field must be provided if the gene list passed to the function is either a character vector of 'Entrez' (NCBI) identifiers or a character vector of probe names
名称1 Bioconductor的有机体注解包（“org.Xx-EG-DB”）。如果传递给函数的基因列表向量（NCBI）的Entrez的“字符的标识符或一个探针名称的字符向量，必须提供这一领域的


参数：anotPackage
Name of Bioconductor annotations package. This field must be provided if the gene list passed to the function is a character vector of probe names
Bioconductor注解包的名称。如果传递给函数的基因列表是一个探针名称的字符向量，必须提供这一领域的


参数：ord
Set to 'TRUE' if the profile has to appear ordered by the category names
如果配置出现的类别名称下令设置为“TRUE”


参数：multilevels
If it is not NULL it must be a vector of GO categories that defines the level at where the profile is built
如果它不为NULL，它必须有一个向量GO类别定义的配置文件是建立在水平


参数：na.rm
Set to 'TRUE' if NAs should be removed
如果NAS应该被删除，设置为“TRUE”


参数：percentage
Set to 'TRUE' if the profile must be built using percentages
如果配置必须建立使用百分比设置为“TRUE”


Details

详情----------Details----------

The function admits three types of entries: Entrez ('Entrez'), Bioconductor probe set names ('BioCprobes')  or a special type of data frames ('GOTermsFrames'). If the identifier type are 'BioCprobes'  then an annotation package name must be provided too.
功能承认三种类型的条目：Entrez的（“Entrez的），Bioconductor探针集名称（”BioCprobes）或特殊类型的数据框（GOTermsFrames）。如果标识符类型BioCprobes“，然后一个注解包名称必须提供。


值----------Value----------

An object of class GOProfile containing an expanded profile
一个类GOProfile的对象包含一个扩展的配置文件


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Sanchez



参考文献----------References----------

Statistical methods for the analysis of high-throughput data based on functional profiles derived from the gene ontology. Journal of Statistical Planning and Inference, Volume 137, Issue 12, Pages 3975-3989, 2007.

参见----------See Also----------

basicProfile
basicProfile


举例----------Examples----------


data(CD4Ids)
CD4.Expanded <-expandedProfile(genelist=CD4LLids[1:50], onto='MF', level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。